木糖醇和赤藓糖醇相比较，赤藓糖醇安全性较高。两者在物理性质、热量、甜度、消化道症状等方面存在一定区别，相较于赤藓糖醇，木糖醇存在一定的危害性。
1、物理性质比较：木糖醇是五碳糖醇，赤藓糖醇是四碳糖醇，与木糖醇相比，赤藓糖醇分子量较低，渗透压较高，赤藓糖醇性质较稳定。两者作为甜味剂和添加剂面临高温时，赤藓糖醇基本不会出现焦化等现象；
2、热量比较：赤藓糖醇是天然零热量的甜味剂，木糖醇有热量。木糖醇在人体内被氧化以后会释放出热量，如果摄入过量，过多的热量会导致肥胖和高脂血症，而赤藓糖醇不会；
3、甜度比较：赤藓糖醇甜度比木糖醇稍低，木糖醇的相对甜度和白糖、蔗糖基本一致。木糖醇平均血糖指数和平均胰岛素指数都比赤藓糖醇高，而且木糖醇对血脂的影响相对较大；
4、消化道症状比较：多数木糖醇不能被小肠吸收或者吸收较少，摄入过多会造成肠道渗透压升高，从而出现胃肠胀气、腹痛、腹泻等症状。但赤藓糖醇大部分到达结肠前就被吸收到血液，在血液短暂循环后，就会通过肾脏过滤排出体外，而且赤藓糖醇比木糖醇的耐受量高，所以赤藓糖醇出现胃肠胀气、腹痛等症状的概率较小。
相比于木糖醇，赤藓糖醇不易被口腔细菌所利用，因此不容易发生龋齿。木糖醇摄入过多后，会导致糖尿病和高血压病人体内的甘油三酯过高，可能会诱发冠状动脉硬化。对于血糖高的病人，日常应尽量减少糖分的摄入，尽量避免吃木糖醇，以免血糖控制不佳，如果血糖控制不佳，此时需要前往内分泌科就诊，一般需要进行血糖监测明确具体情况，可能需要遵医嘱使用盐酸二甲双胍片等降糖药物进行治疗。