如果患者出现益生菌的全面缺乏，可能服用益生菌较好。因为益生菌包含的种类较多，也包括乳酸菌，对于肠道菌群的补充与调整较为全面，菌种也比较平均。乳酸菌与益生菌在功能上并没有更好之分，可能在不同情况治疗时，起效时间会有所差别。当肠道因为益生菌的缺乏而导致有害菌增殖，出现腹泻或者消化不良的症状时，此时需要补充益生菌来抑制有害菌繁殖，但是缺乏的益生菌种类会有所差别。
生活中较为常见的益生菌是乳酸杆菌，益生菌制剂的药粉、药片和胶囊，如枯草杆菌二联活菌颗粒。如果检查发现是单一的某种益生菌大量缺乏导致腹泻，如双歧杆菌，而乳酸菌包含双歧杆菌，能够专项补充缺乏的双歧杆菌，起效可能更快，此时服用乳酸菌较好。临床上常使用乳酸菌治疗腹泻、腹胀或者消化不良，如乳酸菌素片、双歧杆菌三联活菌散。
虽然市面上关于益生菌或者乳酸菌类的食品或者药剂较多，但是食品类的益生菌量较低，长期食用不会有太大影响。药剂类长期摄入可能抑制肠道原有菌群的繁殖，停止补充可能会造成菌群失衡，所以还需在医生指导下服用。