睡一觉起来肩膀疼可能是因为落枕、肩关节受凉、肩袖损伤、肩周炎、颈椎病等原因导致，病因不同处理方法不同，可通过按摩、休息等进行缓解。
1、落枕：多由于枕头过高，睡觉时滑落，或是由于头部动作过大，导致肌肉、筋膜损伤，出现斜方肌痉挛紧张、收缩而引起疼痛，并伴随颈肩部疼痛、活动受限等，可通过按摩颈部的方式进行缓解。
2、肩关节受凉：可能是由于睡觉时忘记关窗，或肩膀露出被子外受凉，受凉后血管收缩、肌肉紧张，导致局部血液运行不畅，从而出现肩膀疼的情况，可通过热敷肩关节，并进行适当锻炼进行缓解，日常应注意患处保暖。
3、肩袖损伤：如果长期过度使用肩膀，则可导致肩膀的慢性损伤，从而引起肩袖损伤，出现疼痛症状。可以遵照医嘱使用塞来昔布胶囊、美洛昔康片等进行缓解。
4、肩周炎：是因关节囊及周围韧带组织的慢性炎症及纤维化所导致，可能是经常提拉重物等所诱发，可出现肩膀的疼痛等症状。建议积极配合医生使用依托考昔片、布洛芬片等药物进行治疗。
5、颈椎病：多存在颈部增生、曲度变小的情况，睡眠时可能由于翻滚动作，导致 病变处压迫肩部神经，出现睡一觉起来肩膀疼。如果疼痛严重，可在医生指导下使用布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊等药物进行治疗。
除上述因素外，还可见于其他的可能性因素，如肱骨外上髁炎、肩关节肌腱炎、筋膜炎等，具体可前往医院就诊，由医生判断具体原因。