长期少量吃低聚果糖通常不会产生副作用，但如果过量服用会有副作用。日常生活中，适量吃含有低聚果糖的食物即可。
1、没有副作用：低聚果糖属于天然膳食纤维，呈水溶性，在长期适量吃的情况下，能起到激活肠道内有益菌，抑制有害细菌生长，达到调节肠道内菌群比例的作用。另外，低聚果糖可作为糖尿病人的营养餐的甜味剂，但不会被人体直接消化、吸收，在改善食物口感的同时不会导致血糖升高，有利于控制血糖；
2、有副作用：但需要注意，如果长期大量吃低聚果糖，可能会导致肠道菌群过量激活，破坏肠道菌群平衡，不耐受的人群容易出现腹泻或者排便时间延长、次数减少等症状。便秘严重的患者还可能出现肛裂甚至痔疮，危害身体健康。
因此，不建议长期大量吃低聚果糖，避免给身体带来不必要的副作用。若不慎出现副作用，需要立即停止吃低聚果糖，同时适当多喝水，多进行慢跑等运动，有助于促进胃肠蠕动，改善副作用。必要时还可以及时就诊，遵医嘱使用双歧杆菌四联活菌片等药物治疗。