小龙虾头部的虾黄含有丰富的蛋白质以及不饱和脂肪酸，也包括小龙虾的肝、胰腺、胃、鳃等部位，都是虾体吸收并处理毒素的器官，可能会富集重金属，因此为了安全起见，应尽量少吃或不吃。
小龙虾的摄入来源常以腐蚀物为主，如死亡的小鱼、小虾、海藻、浮游生物等。如果小龙虾生活的水域中重金属、污染物、寄生虫的含量较高，在其呼吸活动和摄入食物的过程中会污染小龙虾的头部，但如果小龙虾生长在正规养殖环境中，其头部的毒素和重金属含量通常会在对人体较安全的范围内。
需注意在食用小龙虾之前要将其彻底清洗，尽量去掉虾线、虾脚，烹饪时需用高温加热以确保小龙虾完全熟透。一般在70℃-100℃的水温中煮大概10分钟，其体内的有毒物质即会被完全消灭。