多数的开颅手术比较安全，患者手术后一般不会遗留明显的后遗症，但部分患者，开颅手术可能在较为重要的区域，术后可能会留有后遗症，如神经功能障碍、感觉障碍、视野障碍等。
1、神经功能障碍：比较常见的是神经功能障碍，如位于额叶、颞叶、脑实质内的病变切除后，患者可能会出现癫痫发作。部分患者会出现一定程度的精神状态、性格改变，以及记忆力减退等。此外，一些患者可能会表现为抑郁、躁狂等；
2、感觉障碍：如果病变位于顶叶，手术后可能会遗留对侧肢体偏瘫和偏身感觉障碍等后遗症；
3、视野障碍：如果病变位于枕叶，开颅手术后可能会遗留视野缺损的后遗症，还可能会由于视神经影响视交叉，出现一定程度的视力下降。
除上述后遗症外，对于鞍区的肿瘤，特别是体积比较大的鞍区肿瘤，手术后可能会出现尿崩症等。而位于后颅窝的肿瘤，进行开颅手术后，患者较容易出现面部麻木、听力下降、耳鸣，还有部分患者可能会出现声音嘶哑、吞咽困难等后组颅神经麻痹的后遗症。此外，如果小脑受到影响，可能会遗留平衡障碍、头晕等后遗症。如果语言中枢受到影响，还可以出现失语。