长春市治疗肾囊肿比较好的医院有吉林大学第一医院、吉林大学第二医院、吉林大学中日联谊医院等。 其中吉林大学第一医院泌尿外科成立于1998年，是集医疗、教学、保健、科研于一体的综合性科室，现拥有德国Storz腹腔镜、德国雪力输尿管镜、TRM前列腺治疗仪等先进的医疗设备，在肾结石、肾囊肿的治疗方面经验丰富。 吉林大学第二医院成立于1985年，现已成为集医疗、科研和教学为一体的现代化综合科室，于吉林省率先开展并一直居于省内领先水平的手术有经尿道前列腺汽化电切手术、女性压力性尿失禁手术、男性假体植入术与小儿尿道下裂一期成形术等。 吉林大学中日联谊医院泌尿外科在省内率先培养并建立结石、肿瘤、男科、尿控、小儿专业组；患者可根据不同的需要选择泌尿外科专家门诊、泌尿外科普通门诊的服务，而泌尿外科急诊则全年365天、全天24小时对患者开放，随时为肾结石、肾囊肿的患者提供医疗服务。