昆明感染科比较好的医院有云南省传染病医院、昆明市第三人民医院、昆明医科大学第一附属医院等。 云南省传染病医院感染科云南省省级重点专科，云南省AIDS抗病毒治疗定点单位，云南省传染病专科医院首批优质护理服务病房，主要开展病毒性肝炎、结核病、HIV/AIDS、及其他常见感染性疾病、不明原因发热、各类新发传染病等规范化临床诊疗。 昆明市第三人民医院感染性疾病及儿童传染病科擅长发热感染性疾病、中枢神经系统感染、人兽共患疾病、虫媒传播疾病、寄生虫病的诊断与鉴别诊断。率先开展登革热、疟疾的免疫损伤机制的研究并成功运用于临床；率先开展布鲁菌病并发症的介入治疗；对多种人畜共患疾病的诊疗有丰富经验。率先在昆明市开设儿童潜伏结核的筛查专科，对潜伏结核的诊疗有进一步研究。 昆明医科大学第一附属医院感染性疾病科是云南省卫健委突发公共卫生事件、重大传染病、艾滋病及新发传染病危重症的定点收治单位。是云南省及贵州省比邻地区传染病医护人员培养的摇篮；云南省医学会传染病与寄生虫分会，始建于该科；云南省医学会肝病分会及云南省医院协会肝病专委会也由该科发起和创建；云南省传染病/感染疾病的临床和基础研究主要力量，始终主要汇集在该科。