深圳医院的消化科比较好的是深圳市人民医院、深圳市第三人民医院、北京大学深圳医院等。 深圳市人民医院消化内科，为国家消化系疾病临床医学研究中心深圳市人民医院分中心，国家消化道早癌筛查联盟单位，广东省临床重点专科，广东省特色专科、深圳市医学重点专科、深圳市消化内科质量控制中心、深圳市消化病研究所、中国医师协会胃肠镜医师培训基地、广东省肝病护士培训基地。与海军军医大学附属长海医院消化内科为三名工程合作单位。 深圳市第三人民医院消化内科，是医院重点建设的科室之一，开展所有内镜下各级手术，包括超声内镜下活检术、超声内镜下各种介入治疗（胰腺假性囊肿引流、包裹性坏死清创术、腹腔神经节阻滞术，囊肿消融术，胰腺良性神经内分泌肿瘤消融术，胆胰管引流术），ERCP胆管碎石、取石术、胆胰管支架植入术等。 北京大学深圳医院消化内科，是北京大学和汕头大学硕士研究生培养点，设有消化病诊疗室和胃肠动力检测室及内镜室。对胃肠、肝胆胰等疾病满有着丰富的临床经验，抢救和诊治了大量的危重患者和疑难杂症，如上消化道大出血，肝性脑病，顽固性腹水，缺血性肠病，急性重型胰腺炎，食道良恶性狭窄，贲门失驰缓症，胃肠道恶性肿瘤 胆系结石等。