儿童消化内科医院比较好的有复旦大学附属儿科医院、首都医科大学附属北京儿童医院、浙江大学医学院附属儿童医院等。复旦大学附属儿科医院消化内科拥有独立的病房、门诊、内镜中心，是集临床、科研、教学为一体的综合性科室，专科特色包括儿童炎症性肠病（包括极早发型炎症性肠病）、儿童幽门螺杆菌的诊断和治疗、儿童内镜诊疗（新生儿胃肠镜、双气囊小肠镜检查及内镜下的微创治疗等）及胃肠道慢性病患儿营养支持等。 首都医科大学附属北京儿童医院消化科擅长诊治儿科常见消化系统疾病，如腹泻病、幽门螺杆菌感染、胃食管反流病、消化性溃疡、婴儿肝炎综合征、炎症性肠病、急慢性胰腺炎等，对少见病、疑难病症的诊治及急危重症抢救和处理亦具有较高水平。 浙江大学医学院附属儿童医院消化内科，已形成了集专科病房、专科门诊、专病门诊、消化内镜、胃肠动力、消化实验室和临床营养管理为一体的专业体系，小儿消化系统疾病的诊治水平达国内领先，并在全国率先开展儿童胃肠镜诊断和治疗、消化道动力检查和治疗、小儿经皮肝穿刺技术、胶囊内镜、肠外营养和肠内营养治疗等项技术，对儿童消化系统建立一系列成熟的诊断和治疗(包括营养治疗)方案，成功救治大量疑难重危病儿。