云南的眼科医院有很多，但没有绝对的排名，其中昆明医科大学第一附属医院、昆明医学院第二附属医院等比较好。昆明医科大学第一附属医院的眼科是医院最早的科室之一,现已发展成包括门诊、病房、眼科准分子激光中心、云南省眼病防治中心，云南省院士工作站，集医疗、教学、科研、防言四位一体的一流科室，是云南省、昆明医科大学重点学科。下设有青光眼、白内障、眼表和角膜病、眼底病、眼眶病、眼肿瘤、眼整形、泪道病、斜视与小儿眼科、视光学、眼肌等专业组。 昆明医学院第二附属医院眼科自1972年成立，为云南省重点专科，设有云南省中心眼库。现常规开展角膜移植术、白内障超声乳化术伴人工晶体植入术、青光眼小梁切除术、玻璃体切割术、外路及内路视网膜复位术、各种复杂斜视矫正术、各种眼科整形手术、开放及微创泪道手术、各种眼外伤等的手术治疗，并均处于省内一流水平，其中尤以角膜移植和复杂斜视矫正享誉全省。 除此之外，解放军联勤保障部九二零医院以及云南省第一人民医院的眼科也值得推荐，科室对眼科疾病的诊治有着丰富的经验，同时也是云南口碑不错的医院。