云南肠胃科比较好的医院有昆明医科大学第一附属医院、昆明医科大学第二附属医院等。 其中昆明医科大学第一附属医院现消化内科已被国家卫生健康委员会评为国家临床重点专科、国家临床医学研究中心-云南省分中心、云南省临床医学研究中心、云南省消化病研究所、云南省工程技术研究中心、云南省消化疾病创新团队、沈祖尧院士工作站等。科室的消化道早癌诊治特色突出、成效显著，同时大力发展胰腺疾病、功能性胃肠病、幽门螺杆配感染等疾病的特色诊治，并取得了卓越的成绩。 昆明医科大学第二附属医院消化内科于1984年独立建科，是一个集医疗、教学、科研为一体的消化疾病诊治中心。目前由消化内镜室、消化科病房、胃肠动力室、消化道B超室和消化专科门诊组成。形成了以消化系统（食道、胃、肝脏、胰腺、小肠、大肠、腹膜）常见病、疑难病诊治、危重病抢救、内镜技术、消化道功能性疾病研究、小肠疾病诊治为特色的科室，并不断稳步建设优势项目。