南京感染科的医院比较好的是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院等。 南京医科大学第一附属医院感染病科在常见重大传染性疾病的诊断治疗、临床教学、科研工作、人才培养和学科建设等方面取得了显著成绩，科室依托综合医院的多学科协作诊疗的优势，对感染性休克、多脏器功能衰竭、中枢神经系统感染、以及特殊人群的重症感染、多重耐药菌感染等危重症的诊治能力，在江苏省及周边省市地区中也具有较高影响力。 南京鼓楼医院感染性疾病科长期从事病毒性肝炎（包括乙型肝炎和丙型肝炎）的免疫发病机制与免疫治疗研究。已建立了多中心的慢性肝病患者的长期随访队列。 东南大学附属中大医院感染性疾病科是集临床、教学和科研于一体的感染病专科，常年开设肝病门诊、发热门诊和肠道门诊，在肝脏疾病特别是慢乙肝干扰素的个体化治疗及多药耐药处置上积累了丰富的临床经验，在周边省市地区有较大的影响力。