西安肛肠科好的医院有空军军医大学西京医院、西安交通大学第一附属医院、西安交通大学第二附属医院等。 空军军医大学西京医院日间手术中心，是由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成。熟悉日间手术中心常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗小儿、成人腹股沟疝、肛周疾病、双J管摘除术、鞘膜积液、包茎、隐睾、小儿隐匿阴茎、声带息肉、鼻窦炎、鼻中隔偏曲、鼻骨骨折等方面具有显著优势。 西安交通大学第一附属医院普通外科是国家首批博士和硕士学位授予点、国家临床重点专科、国家首批住院医师规范化培训基地。根据学科特点细化的专业组包括：胃外科、结直肠外科、肛肠外科、疝和腹壁外科、甲状腺外科专业等。 西安交通大学第二附属医院普通外科是卫生部和原西安医科大学重点发展学科、陕西省重点学科，已开展了包括器官移植在内的肝胆、胃肠、疝、甲状腺、血管等疾病的各种手术。