厦门肺专科比较好的医院有厦门大学附属第一医院、厦门大学附属中山医院、厦门医学院附属第二医院等。 厦门大学附属第一医院呼吸与危重症医学科有近40年的历史，是福建省内建制最早的专科之一。近年来依托厦门大学及医院平台，学科间互补互利，形成了深耕细作的肺部感染性疾病亚专科诊疗组。2021年1月被中国医师协会呼吸医师分会、中华医学会呼吸病学分会、全国呼吸专科医联体、国家呼吸疾病医疗质控中心联合授予国家呼吸与危重症医学科规范化建设三级医院优秀单位（厦门市唯一）。 厦门大学附属中山医院呼吸内科是集医疗、教学、科研及预防为一体的厦门市规划重点专科，是国家呼吸系统临床医学研究中心的分中心，诊治的疾病范围覆盖所有的呼吸系统疾病的病种，是全国呼吸系统疾病尤其是呼吸系统慢性疾病、疑难杂症及危重症抢救的诊治中心之一。 厦门医学院附属第二医院呼吸肿瘤内科内设呼吸科、肿瘤科及胸外科，拥有国内一流的技术及设备。在肺癌的诊断及治疗、在老年呼吸疾病的诊治、在肺部疾病的鉴别诊断具有一流的水平，在支气管镜介入诊疗及恶性肿瘤的微创介入治疗方面优势明显。