昆明治疗甲状腺疾病比较好的医院有昆明医科大学第一附属医院、昆明医科大学第二附属医院、解放军联勤保障部九二零医院等。 其中昆明医科大学第一附属医院甲状腺疾病诊治中心以名医荟萃、学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大位列云南医疗界榜首，在复旦大学医院管理研究所公布的西南区综合实力排行榜中两次位列第四，在诊治甲状腺疾病方面具有丰富的经验。 昆明医科大学第二附属医院甲状腺乳腺外科是集医疗、科研及教学于一体的甲状腺乳腺疾病治疗中心，除开展甲状腺切除、胸骨后甲状腺切除、甲状腺癌根治、功能性颈淋巴结清扫、颈胸联合切口纵膈淋巴结清扫术等常规甲状腺手术外，还开展多项新技术，如超声引导下甲状腺细针穿刺活检术：术前的甲状腺结节细针穿刺可协助判断结节良恶性，对于较小的甲状腺结节，可免于不必要的手术等。 解放军联勤保障部九二零医院普通外科熟悉甲状腺外科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退、甲状腺炎、甲状腺结节、甲状腺囊肿、甲状腺腺瘤、甲状腺肿瘤、结节性甲状腺肿等方面具有显著优势。