重庆治疗肛肠比较好的医院是陆军军医大学第一附属医院、陆军军医大学新桥医院、重庆大坪医院等。 陆军军医大学第一附属医院普外科为博士学位授权学科、国家重点学科、重庆市医学重点学科。现有微创胃肠外科中心、肿瘤生物治疗研究中心、微创疝修补诊疗中心、肛肠疾病诊疗中心。拥有国内一流的先进设备，包括多功能数字化腹腔镜及超声手术系统、Trivex大隐静脉微创治疗系统、肛肠综合治疗仪、流式细胞仪等。 陆军军医大学新桥医院普通外科下设肝胆外科、胃肠外科、血管腺体外科、微创外科中心、肿瘤治疗及器官移植实验室。在肠粘膜屏障功能和外科营养的研究方面达国际领先水平。为使我科科研工作及临床医疗水平更加持续稳定发展，加强基础和临床的结合，开展肠粘膜屏障功能损害发生机制和防治措施的研究，同时在消化道肿瘤的综合治疗及腹部疾病的微创外科治疗方面开展科研与临床工作。 重庆大坪医院胃结直肠外科是集医|、教、研为一体的国家重点学科，全军便秘诊治中心、肥胖与糖尿病国际卓越联盟（IEF）分中心。包括微创胃结直肠外科治疗、糖尿病及减重外科、疝外科、电子肠镜检查中心、盆底功能检测中心等。科室以结直肠肿瘤、胃肠肿瘤等常见病为工作重点，形成了腹腔镜、内镜、经肛门显微内镜“三镜”联合的全方位微创胃结直肠外科平台。