重庆医科大学附属第二医院胃肠肛肠外科是集教学、科研、临床为一体的医院支柱科室。科室拥有各级医师25名，护理人员50余名。各医疗组组长均具有博士以上学历，正高职称，临床工作25年以上，所有医师均具有医学博士学位。护理人员均能进行专业的造口及PICC护理，拥有副主任护师及主管护师多名，所有护理人员均具有本科及以上学历。

科室率先在国内及西南地区开展了一系列新技术，目前在传统开腹及腹腔镜下胃癌、结直肠癌根治性切除手术、全腹腔镜近端胃切除空肠食道残胃双通道吻合术、全腹腔镜胃食管反流病外科治疗（食管裂口疝修补+胃底折叠术）、超低位直肠癌极限保肛经肛全直肠系膜切除术（TaTME）、腹部无切口的腹腔镜下结直肠癌经自然腔道取标本手术（NOSES）、复杂性肛瘘手术、各种严重痔手术（PPH、TST、环切术、外剥内扎术、套扎术）等方面均取得了显著成绩。

尤其是微创（腹腔镜、肠镜）治疗胃肠道良恶性肿瘤、无气腹腹腔镜治疗高龄患者胃肠道良恶性肿瘤、2型糖尿病的外科治疗（胃转流术）以及胃肠道间质瘤的综合治疗在全国及西南地区处于领先地位。针对于晚期消化道及腹腔其他恶性肿瘤采用的腹腔热灌注化疗，显著改善了上千患者的预后。近年来率先在国际上开展无气腹单孔腹腔镜下结、直肠癌根治术，并取得满意效果。针对结直肠癌伴梗阻患者开展的肠镜下支架置入术可以解除消化道梗阻、缓解肠壁水肿、降低肠造口几率、提高手术I期吻合率。

科室承担包括国家自然科学基金、重庆市科委、重庆市卫计委、渝中区科委等多项国家级和省部级科研课题，至今已培养医学硕士研究生上百名。

疾病诊疗范围：消化道肿瘤：胃癌、结肠癌、直肠癌、胃肠道间质瘤、小肠肿瘤；肛门周围疾病：痔疮（内痔、外痔、混合痔）、肛瘘、肛裂、肛周脓肿；炎症性肠病：溃疡性结肠炎、克罗恩病。