厦门市三甲医院有厦门大学附属第一医院、 厦门大学附属中山医院、 厦门医学院附属第二医院等。 厦门大学附属第一医院是闽西南规模最大的三甲综合医院，位列福建省高水平三级甲等综合性医院第一梯队，是全国首家“双料”通过HIMSS EMRAM住院、门急诊双7级和国际JCI学术医学中心认证的大型综合医院。 厦门大学附属中山医院是集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等综合性医院和世界知名高水平研究型大学附属医院，中国百强医院。 厦门医学院附属第二医院是厦门岛外唯一一所集医疗、教学、科研、急救为一体的三甲综合公立医院，医院医疗技术一流，尤其是呼吸介入诊疗在经软质支气管镜及硬质气管镜下置入支架等治疗技术方面达国际先进水平。 除此之外，厦门市三甲医院还有厦门中医院、厦门市仙岳医院、厦门市妇幼保健院等，也都具有完备的诊疗资质以及丰富的临床经验，患者可以根据自身需要选择。