南京市三甲医院有南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院等。 其中南京医科大学第一附属医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中第22名，是国家重大疫情救治基地、国家（江苏）紧急医学救援队承建单位。 南京鼓楼医院是江苏区域现代医学的摇篮，现已发展成为学科门类齐全、师资力量雄厚、医疗技术精湛、科研实力较强的大型综合性三级甲等医院，不断拓展医疗新技术，干细胞临床研究走在全国前列，严重脊柱侧弯矫形、骨关节置换及修复国际领先。 东南大学附属中大医院现已成为集医疗、教学、科研为一体的大型综合性教学医院，医院在重症医学、影像诊断、心血管疾病、介入治疗、血液净化、脊柱病变微创治疗、造血干细胞移植、小耳畸形再造、中风治疗、新生儿重症抢救等多方面居国内先进行列。排名较靠前的医院包括南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、东南大学附属中大医院、南京市第一医院等。其中南京医科大学第一附属医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中第22名，有国家重点学科1个,国家临床重点专科19个，省临床医学研究中心5个,江苏高校优势学科1个,省重点学科2个,综合实力较强；南京鼓楼医院共有鼓楼本部、江北院区（江北国际医院）两个院区，并正在建设南部院区（溧水院区），现有床位3800张，还培育一大批重点专（学）科。此外，南京脑科医院、南京市第二医院、江苏省中医院、江苏省中西医结合医院等也为三级甲等医院。