新生儿流行性腹泻的治疗措施往往通过控制感染、维持水电解质平衡，并采取药物保护患者的胃肠道。但是最重要的是注意隔离，并注意护理得当，患儿往往可以获得较好的预后。
阿莫西林
根据病原及药敏结果，选用抗生素，对革兰阴性杆菌可选用头孢第三代抗生素或阿莫西林、克拉维酸钾。病毒性腹泻不必使用抗生素，真菌性肠炎应停用抗生素，用制霉菌素口服。
平衡盐溶液
补充累积损失量、生理需要量和继续损失量。可采取静脉补液和口服补液，但多采取前者。补液量在新生儿个体差异较大，不同出生体重、不同日龄，需要量均不同。要个体化补充液体，对轻中度脱水补液量不宜过多。
乳酸杆菌
目的在于补充肠道正常益生菌群，恢复微生态平衡，重建肠道天然生物屏障保护作用。
蒙脱石散
维持肠道的基本生理功能，并且可以吸附毒素以及病原体。
丁胺卡那霉素(阿米卡星)
丁胺卡那霉素为新一代氨基糖甙类抗生素，对金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、大肠杆菌、伤寒杆菌、变形杆菌有效并有较好的抗酶性能，对卡那霉素、庆大霉素耐药的菌株，应用本药仍然有效，临床上主要用于新生儿流行性腹泻和上述耐药菌株引起的尿路、肺部感染，以及绿脓、变形杆菌所致的败血症等，应注意肾功能减退、脱水、使用强利尿剂者慎用，用药时间不宜过长。
三氮唑核苷(病毒唑)
病毒唑为广谱抗病毒药，其作用机制是通过抑制单磷酸次黄嘌呤核苷脱氢酶，而阻碍病毒DNA的合成，还能抑制流感病毒的蛋白质合成，对脱氧核糖核酸病毒(疱疹病毒、痘病毒等)和核糖核酸病毒(流感病毒、副流感病毒、鼻病毒和轮状病毒等)均有较强的抑制作用，适用于轮状病毒性腹泻、流感、肝炎、单纯性疱疹、带状疱疹、麻疹等疾病，不良反应较轻，极少数患者出现口渴，较大剂量时可见贫血、白细胞减少等，停药后可自行消失。
思密达
思密达是一种天然的铝、镁、钙的复合硅酸盐，对轮状病毒等微生物有吸附和抑制作用，能覆盖消化道，并与黏液蛋白结合，从质和量两个方面增强黏液屏障，达到有效地阻止各种攻击因子的侵袭，适用于治疗急慢性腹泻、肠激惹综合征、结肠炎、食管反流症、食管炎、食管裂疝、胃炎、胃痛等疾病，不良反应为极少数病人可能产生轻度便秘，可减少剂量继续服用。
液体疗法
新生儿消化系统发育不够成熟，消化酶分泌少，对食物耐性差，若遇喂养不当，卫生稍差，均可导致新生儿的腹泻，加之免疫功能差，对感染防御能力低，很容易导致肠道感染而引起腹泻、呕吐，导致水电解质紊乱及酸碱平衡失调，临床表现为不同程度的脱水与酸中毒状态，新生儿腹泻除针对不同病因进行治疗外，液体治疗亦十分重要，新生儿腹泻所致脱水，一般不采用口服补液而用静脉补液。
