大部分的桥本甲状腺炎甲状腺功能是正常的，如果甲功正常就不需要用药，生活中注意低碘饮食，定期监测甲功，一部分桥本甲状腺炎也可以表现为甲状腺功能异常。桥本甲状腺炎早期由于甲状腺组织破坏，甲状腺滤泡内储存的甲状腺激素释放入血，导致一过性的甲状腺功能亢进，这种甲状腺功能亢进通常不需要抗甲状腺药物的治疗，一般1-2个月后可以自行缓解。
也有一部分桥本甲状腺炎表现为甲状腺功能减退，通常一旦发生甲状腺功能减退，常常是永久性的甲状腺功能减退，需要终身采用甲状腺激素的替代治疗，给予左甲状腺素钠片从小剂量开始，根据甲状腺功能调整剂量，使甲状腺功能恢复正常。近年来有研究表明硒制剂可以调节免疫，有助于缓解桥本甲状腺炎的自身免疫过程，但在临床上效果不肯定。桥本甲状腺炎如果甲状腺功能正常，可以定期观察，不需要特殊用药。如果发生甲状腺功能减退，需要给予甲状腺激素替代治疗。
也有一部分桥本甲状腺炎表现为甲状腺功能减退，通常一旦发生甲状腺功能减退，常常是永久性的甲状腺功能减退，需要终身采用甲状腺激素的替代治疗，给予左甲状腺素钠片从小剂量开始，根据甲状腺功能调整剂量，使甲状腺功能恢复正常。近年来有研究表明硒制剂可以调节免疫，有助于缓解桥本甲状腺炎的自身免疫过程，但在临床上效果不肯定。桥本甲状腺炎如果甲状腺功能正常，可以定期观察，不需要特殊用药。如果发生甲状腺功能减退，需要给予甲状腺激素替代治疗。