1、B超检查：妇科B超对诊断巧克力囊肿有价值，典型的巧克力囊肿超声影像为无回声区内有密集光点。在诊断巧克力囊肿时首选阴道超声；无法做阴道超声时，直肠超声或腹部超声也有价值。对累及输尿管的病变，必要时联合静脉肾盂造影或输尿管镜检查。
2、盆腔核磁共振检查：该检查对巧克力囊肿有很好的诊断价值，可以根据囊肿内容物所含的信号强弱判断对巧克力囊肿作出较准确的诊断，同时可以了解盆腔子宫内膜异位症的严重程度，以及周围其他脏器，如直肠、输尿管有无粘连。其次，盆腔核磁共振检查还能对一些较小的卵巢肿物进行鉴别诊断，判断是生理性肿物(如卵巢黄体)，还是巧克力囊肿。最后，盆腔核磁共振检查对卵巢肿物的良恶性鉴别的准确率也较高。
3、血清CA125：巧克力囊肿患者CA125可升高，尤其是中、重度患者，但一般为轻度升高。由于其特异性及敏感性均有限，血清CA125不用于诊断巧克力囊肿，血清CA125正常的情况下，巧克力囊肿也可能存在，可根据非经期CA125的变化监测巧克力囊肿病情的变化。
4、腹腔镜检查：腹腔镜检查是目前诊断巧克力囊肿的最佳方法，确诊应首选腹腔镜检查，必要时也可剖腹探查，以获得组织病理诊断并明确分期。
5、双合诊检查：检查者一手的两指或一指放入阴道，另一手在腹部配合检查，是盆腔检查最基本的方法之一。其目的在于扪清阴道、宫颈、子宫、卵管和卵巢，宫旁结缔组织和韧带以及盆腔内壁等情况。检查时应注意盆腔内各器官的位置、大小、质地与周围的关系。若扪及肿块，亦应注意其位置、大小、形状、硬度、活动度与子宫的关系以及有无压痛等。
6、抗子宫内膜抗体：抗子宫内膜抗体是子宫内膜异位症标志性抗体，异位的子宫内膜具有抗原性，刺激机体产生抗体，患者检出该抗体，说明体内有异位内膜刺激。
2、盆腔核磁共振检查：该检查对巧克力囊肿有很好的诊断价值，可以根据囊肿内容物所含的信号强弱判断对巧克力囊肿作出较准确的诊断，同时可以了解盆腔子宫内膜异位症的严重程度，以及周围其他脏器，如直肠、输尿管有无粘连。其次，盆腔核磁共振检查还能对一些较小的卵巢肿物进行鉴别诊断，判断是生理性肿物(如卵巢黄体)，还是巧克力囊肿。最后，盆腔核磁共振检查对卵巢肿物的良恶性鉴别的准确率也较高。
3、血清CA125：巧克力囊肿患者CA125可升高，尤其是中、重度患者，但一般为轻度升高。由于其特异性及敏感性均有限，血清CA125不用于诊断巧克力囊肿，血清CA125正常的情况下，巧克力囊肿也可能存在，可根据非经期CA125的变化监测巧克力囊肿病情的变化。
4、腹腔镜检查：腹腔镜检查是目前诊断巧克力囊肿的最佳方法，确诊应首选腹腔镜检查，必要时也可剖腹探查，以获得组织病理诊断并明确分期。
5、双合诊检查：检查者一手的两指或一指放入阴道，另一手在腹部配合检查，是盆腔检查最基本的方法之一。其目的在于扪清阴道、宫颈、子宫、卵管和卵巢，宫旁结缔组织和韧带以及盆腔内壁等情况。检查时应注意盆腔内各器官的位置、大小、质地与周围的关系。若扪及肿块，亦应注意其位置、大小、形状、硬度、活动度与子宫的关系以及有无压痛等。
6、抗子宫内膜抗体：抗子宫内膜抗体是子宫内膜异位症标志性抗体，异位的子宫内膜具有抗原性，刺激机体产生抗体，患者检出该抗体，说明体内有异位内膜刺激。