肝管结石的治疗方法主要取决于结石是否引起严重的并发症，如果肝管结石没有任何的症状，也没有引起任何的器质性病变，结石的数量小，可以先观察，平时进行饮食调整、生活习惯的改善，以及定期的复查、随访。
但如果胆管的结石很多、很大，而且遍布整个肝叶，或者引起局部的肝萎缩、肝脓肿，出现胆管炎的症状，出现腹痛、发热、黄疸，以及引起胆汁性的肝硬化，都需要进一步积极治疗，治疗方式主要是以消炎、解痉、对症的处理。在炎症消退后可以考虑手术治疗，以切除萎缩的肝脏，取尽结石，通畅引流。因为结石如果长期存在的情况下，是有小概率会诱发胆管癌的发生，所以建议有任何异常的情况要早期处理。
但如果胆管的结石很多、很大，而且遍布整个肝叶，或者引起局部的肝萎缩、肝脓肿，出现胆管炎的症状，出现腹痛、发热、黄疸，以及引起胆汁性的肝硬化，都需要进一步积极治疗，治疗方式主要是以消炎、解痉、对症的处理。在炎症消退后可以考虑手术治疗，以切除萎缩的肝脏，取尽结石，通畅引流。因为结石如果长期存在的情况下，是有小概率会诱发胆管癌的发生，所以建议有任何异常的情况要早期处理。