巧克力囊肿的确切发病机制至今尚未阐明，主要的发病学说有种植学说、体腔上皮化生学说、诱导学说，种植学说包含Sampson经血逆流、血管及淋巴转移、医源性种植学说。其他发病机制包括免疫炎症学说、干细胞理论、遗传及相关基因表达和调控异常。

一、主要病因

1、经血逆流异位种植学说：正常月经血含有子宫内膜碎片从宫腔向阴道流出，经血经宫腔向输卵管逆流种植于盆腹腔，并在种植部位继续生长、侵袭并蔓延，形成盆腔子宫内膜异位症，若种植在卵巢就形成了巧克力囊肿。

2、体腔上皮化生学说：卵巢生发上皮是由具有分化能力的体腔上皮分化而来，在多种因素的作用下化生为子宫内膜组织。但化生是由已经分化成熟的组织转化为另一种分化成熟的组织，无法证实已分化的子宫内膜可以维持其继续分化的能力，故该学说仍无法解释内异症是怎样维持存在。

3、淋巴及静脉散播学说：该学说认为在远离盆腔部位出现的异位病灶是通过淋巴管或静脉管腔播散所致，即内膜组织由静脉管腔或淋巴管向远处进行种植、转移。

4、遗传学说：子宫内膜异位囊肿的发病具有家族聚集倾向。如母亲或姐妹患有子宫内膜异位囊肿，则子代女性患病的风险可提高七倍。

5、免疫因素：体内免疫系统异常，无法将宫腔外的子宫内膜细胞消除，可能发展成卵巢子宫内膜异位症。

二、诱发因素

1、医源性播散是使子宫内膜异位症发生率增高的一个重要原因，剖腹产、人工流产手术、宫腔镜及腹部手术等情况，将子宫内膜带到盆腔异位种植，诱发巧克力囊肿的发生。

2、体内雌激素高。

3、患有自身免疫性疾病。