二者的药物组成以及功效主治是没有区别的，都具有燥湿理气、健胃和中的功效，可以治疗胃脘疼痛、嗳气反酸、饮食无味、胁肋胀痛、痰多壅盛等症状。平胃散为颗粒药物，可以冲服饮用。一般来说冲服的药物可以在短时间就发挥药效且服用也不会太苦。而丸剂在咀嚼时，虽其味道常难以忍受，但是发挥药效的时间持久且丸剂的保质期较长。二者各有优势和弊端，但药效是相同的。