奥硝唑片不良反应较轻，常见的副作用有口腔金属味、嗜睡、恶心、呕吐、头痛等。个别患者可出现中枢神经系统障碍，如头晕、震颤、动作不协调、僵硬、癫痫发作、疲劳、眩晕、意识短暂消失或周围神经病。

总体来说，其不良反应发生率较低，不影响用药。临床适用于敏感原生动物，如毛滴虫、阿米巴原虫，以及厌氧菌引起的各类感染的治疗。