同性性行为中最常见的是肛交行为，因直肠黏膜为单层柱状上皮细胞，阴道为复层扁平上皮细胞，直肠黏膜更容易破损，且肠道的弱碱性环境也更适合艾滋病病毒侵染（阴道为弱酸性环境）。肠道表皮下有大量CD4阳性T细胞，给艾滋病病毒提供了丰富的宿主细胞，因此同性比异性更容易感染艾滋病病毒。感染初期，艾滋病病毒也最初也是在肠相关淋巴组织中进行扩增，从而形成储存库和广泛性炎症。