云南大学附属医院普通外科科研实力雄厚,斩获云南省科技进步二等奖3项、三等奖10项,卫生厅科技进步奖5项;承担国家自然基金、卫生部医药卫生科技发展中心项目等各级课题21项,年平均科研经费超百万元。科室在国内外核心期刊发表论文80余篇、SCI收录15篇,主编专著7部,获实用新型专利11项,实现科研与临床深度融合。