广元市中医医院擅长的科室有妇产科、骨伤科、肛肠科、消化内科等。
1、妇产科
广元市中医医院妇产科建有爱婴区、孕妇学校和川北地区最大、设备最齐全的婴幼儿洗浴中心，高质量开展椎管内麻醉及导乐无痛分娩，为广大生育女性提供舒适分娩体验，积极促进降低剖宫产率。开展新式剖宫产、腹膜外剖宫产等手术多年，对产科如凶险性前置胎盘、胎盘早剥、妊娠期高血压疾病等各种急危重症的诊治得心应手。
2、骨伤科
广元市中医医院骨伤科为四川省重点专科、四川大学华西医院骨伤科联盟单位、四川省骨伤科医院联盟单位。科内人才荟萃，技术力量雄厚，技术综合实力在广元地区居领先地位，在川北地区享有盛名。率先在广元地区开展运动医学疾病的诊治，致力于半月板损伤、关节软骨损伤、前后交叉韧带止点撕脱骨折等各类手术，治疗理念和手术技术紧随国内先进水平。
3、肛肠科
广元市中医医院肛肠科是市内唯一的肛肠专业“省级重点专科”，技术实力雄厚，在川陕甘结合部享有盛誉。近三十年来，发扬中医特色，加强专科优势，技术综合实力始终处于领先地位。科室能高质量开展肛肠疾病的常规检查，首次在市内开展了微创手术治疗出口梗阻型便秘、直肠前突、直肠脱垂等疾病，深受广大患者的好评。
4、消化内科
广元市中心医院消化内科承担着全市胃肠道、肝胆胰专科疾病的重要诊治工作，并接纳川北区域其他市县和邻省甘肃、陕西部分地区的疑难危重病人。技术力量和服务能力强，诊治水平全市领先。现已发展成为川西北地区一个集医疗、教学、科研为一体，技术力量较雄厚、学术水平较高的消化专科。