上海肝胆外科比较厉害的医院是海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院。
上海交通大学医学院附属瑞金医院肝胆外科在肝胆疾病综合诊疗方面经验丰富。复旦大学附属中山医院普外科作为国家双重重点学科，历史悠久、综合实力顶尖。复旦大学附属华山医院胰腺外科是国家级胰腺疾病诊治与研究核心机构。
1、上海交通大学医学院附属瑞金医院 肝胆外科
作为顶级综合性医院的核心外科之一，科室由一支高年资、临床经验丰富的专家团队组成。科室诊疗范围全面，在肝胆系统良恶性疾病的诊治上具有显著优势。尤其擅长胆结石、胆囊息肉、胆囊癌、胆管癌、胆管结石等胆道疾病，以及原发性肝癌、转移性肝癌等复杂肝脏肿瘤的外科治疗与综合管理。
依托医院强大的多学科协作平台，能为患者提供规范化、个体化的高水平诊疗方案。
2、复旦大学附属中山医院 普外科
科室由我国外科学奠基人沈克非教授于1946年创立，历史悠久，底蕴深厚。现为国家教育部重点学科、国家临床重点专科及上海市“重中之重”临床医学重点学科，连续多年在中国医院最佳专科声誉排行榜中位居第二。
作为上海市普通外科研究所、临床营养研究中心及质控中心挂靠单位，科室在胃肠外科、胆道外科、胰腺外科等多个亚专业领域形成强大特色，并以多学科协作（MDT）和微创外科为重要发展方向，代表了国内普外科的顶尖水平。
3、复旦大学附属华山医院 胰腺外科
科室渊源深厚，其前身“胰腺癌诊治中心”成立于1997年，是国内最早开展胰腺疾病专业化诊治的单位之一。现为“中国抗癌协会胰腺癌专业委员会”创会定址单位及“复旦大学胰腺病研究所”所在地，学术地位崇高。科室在胰腺肿瘤早期诊断、以根治性手术为核心的多学科综合治疗方面处于国内领先地位，常规开展各类高难度胰腺手术。
学科带头人傅德良教授为上海市医学领军人才，科室还特聘美国外科医师协会前主席为名誉教授，国际交流密切。
4、上海交通大学医学院附属仁济医院 胆胰外科
科室是国家临床重点专科、上海胆道疾病会诊中心及交通大学医学院胆胰疾病诊治中心成员单位，由我国著名外科学前辈奠基。科室以理念创新和技术全面著称，在国内率先倡导“胰头癌全系膜切除”等前沿理念，显著提高了手术根治率。在胆囊癌、胆管癌、胰腺癌的规范化治疗及微创手术（腹腔镜/机器人）方面成绩卓然，年完成胆胰肿瘤治愈性手术超600例。
科室科研转化能力强，在国际上首开胆囊癌靶向治疗先河，微创手术占比达60%以上。
5、上海交通大学医学院附属第九人民医院 普外科
科室成立于1920年，历史悠长，聘请我国肠外瘘治疗与临床营养学奠基人黎介寿院士为兼职教授。作为中国研究型医院学会肠外肠内营养专业委员会主委单位，科室在肠瘘与腹腔感染、炎症性肠病、短肠综合征、放射性肠炎等肠功能障碍疾病的诊治及营养支持方面达到国内领先水平。
同时，在减重代谢外科（尤其肥胖合并睡眠呼吸暂停综合征）、复杂疝与腹壁缺损修复重建领域特色鲜明，技术位居国际先进水平，救治了大量全国转诊的疑难危重患者。
