普洱市人民医院擅长的科室有泌尿外科、神经内科、心血管内科、儿科、重症医学科等。
1、泌尿外科
普洱市人民医院泌尿外科，是省级临床重点专科。科室拥有先进医疗设备包括100瓦科医人钬激光机、惠康体外冲击波碎石机、百胜B超机等医疗设备。科室目前开展全部泌尿外科微创及疑难手术，如腹腔镜前列腺癌根治、腹腔镜膀胱癌根治、腹腔镜肾癌根治等泌尿外科高难度手术，科室常规开展前列腺电切术、经皮肾镜取石术、输尿管镜及输尿管软镜碎石术、膀胱肿瘤电切术等微创手术。
2、神经内科
普洱市人民医院神经内科，是省级临床重点专科。主要从事脑血管疾病、周围神经疾病、肌肉疾病、癫痫、帕金森病、中枢神经系统感染性疾病、心理疾病、头痛、头晕等疾病的诊治。还能开展早期溶栓治疗、介入治疗，对住院患者实施康复治疗；并建立了神经心理测试实验室，能完成6种以上心理量表测试，设立认知和心理门诊；能开展电生理指导的肉毒素治疗，设立神经遗传和运动障碍门诊等。
3、心血管内科
普洱市人民医院心血管内科，是省级临床重点专科。科室拥有GEE9心脏超声诊断仪、呼吸机等各种设备70余台套、院内配置有导管室及先进的大型C臂平板探测系统。对冠心病、高血压、心肌病、风心病、心率衰竭、各种心律失常诊断及治疗均有独到之处。常规开展除心房颤动外的心脏介入诊疗工作如心内除颤器及单腔、双腔、三腔等各种类型永久心脏起搏器植入术治疗复杂心律失常和顽固性心衰。
4、儿科
普洱市人民医院儿科，是省级临床重点专科，为目前全市规模最大、设备最齐全、技术力量最强的临床科室，对新生儿、小儿重症、小儿呼吸神经、消化、心血管、血液等各系统疾病形成了一套规范、科学的诊疗方案。作为全市技术水平最高、抢救设备最全的儿科疾病诊疗中心，科室对儿童在呼吸、循环、消化、神经、血液等各系统疾病形成了一套规范、科学的诊疗方案。
5、重症医学科
普洱市人民医院重症医学科，是省级临床重点专科，是云南省州市级医院规模大，功能齐全，服务范围广的综合ICU之一。科室收治来自内科、外科、妇产科、儿科等常见急危重患者，如大面积心肌梗死、严重心律失常、主动脉夹层动脉瘤破裂、感染中毒休克、中风、格林巴利综合征、癫痫持续状态、破伤风等疾病，重症医学科的成立为这些疾病的集中、统一、密切、规范的治疗提供了强有力的保障。