重庆肝胆外科比较厉害的三个医院的是陆军军医大学第一附属医院、重庆医科大学附属第一医院、陆军军医大学新桥医院。
陆军军医大学第一附属医院肝胆外科是中国肝胆外科学发祥地之一，国家重点学科、临床重点专科，综合实力蜚声海内外。重庆医科大学附属第一医院肝胆外科是国家临床重点专科，微创外科和器官移植技术突出，学术地位显著。陆军军医大学新桥医院肝胆外科是博士硕士授权学科，微创外科水平居西部领先，科研实力强劲。
1、陆军军医大学第一附属医院 肝胆外科
陆军军医大学第一附属医院肝胆外科创建于1963年，是中国最早建立的肝胆胰专科、中国肝胆外科学发祥地之一，由黄志强院士创立。科室是解放军西南肝胆外科医院、全军肝胆外科研究所、国家重点学科、临床重点专科，先后有两位主任当选中国工程院院士，在肝胆管结石、肝移植、微创外科等领域达国际国内领先水平，获国家科技进步一等奖等多项殊荣，有“肝胆黄埔军校”美誉。
2、重庆医科大学附属第一医院 肝胆外科
重庆医科大学附属第一医院肝胆外科是国家临床重点专科、重庆市重点学科，国家原发性肝癌诊疗规范化培训项目培育基地，长江上游胆胰内镜外科联盟理事长单位。科室配备达芬奇机器人等先进设备，微创外科手术率达95%以上，广泛开展肝移植、肝胆胰肿瘤微创治疗及内镜介入手术，与国内外知名机构深度合作，科研成果丰硕，学术影响力突出。
3、陆军军医大学新桥医院 肝胆外科
陆军军医大学新桥医院肝胆外科创建于50年代，是博士硕士学位授予学科、医院重点学科，集医教研于一体。科室是国家卫生部普通外科内镜诊疗技术培训基地，微创外科水平居西部地区领先，率先开展胰肾联合移植等多项先进技术，主攻肝移植、消化道肿瘤综合治疗及腹部微创治疗，承担多项国家自然科学基金，培养大批微创外科人才。
4、重庆大坪医院 肝胆外科
重庆大坪医院肝胆外科是医院重点学科，经过三十余年发展，跻身重庆及大西南地区一流临床科室。科室前身是1979年成立的肝胆胰疾病组，1997年完成重庆市首例原位肝移植手术，腹腔镜胆囊切除术例数居重庆领先，擅长肝胆胰恶性肿瘤外科治疗及各类微创、介入诊疗，获国家自然科学基金及多项国家级、市级科技进步奖，诊疗实力雄厚。
5、重庆医科大学附属第二医院 肝胆外科
重庆医科大学附属第二医院肝胆外科创建于1960年，是重庆市重点学科、博士学位授权学科、临床医学博士后流动站，拥有重庆市唯一肝胆外科首席专家工作室和肝胆外科重点实验室。科室肝胆微创外科技术居西南领先，常规开展高难度肝胆胰手术及肝移植，承担50项国家自然科学基金，科研成果达国内外领先水平，学科影响力广泛。
