三亚市中医院擅长的科室有神经内科、脾胃病科、骨伤科、肾病科等。
1、神经内科
三亚市中医院神经内科为脑病专科，现被确定为海南省重点专科。该科主要擅长中西医结合治疗脑梗塞、脑出血、眩晕症、高血压病、多发性神经炎、癫痫、睡眠障碍及运动神经元病等。坚持走“中医有特色，西医上水平，中西医融会贯通，走现代中医之路”的发展战略，除中药口服外，还采用微针针刺、电热灸、穴位贴敷、中药塌渍、经颅磁治疗、中频脉冲电治疗、中药熏洗、中药沐足等中医特色治疗方法，在治疗眩晕病、中风病、头痛病方面发挥重大作用。
2、脾胃病科
三亚市中医院脾胃病科是国家临床重点专科。与301 医院合作，开展中医药联合免疫细胞过继转移治疗肿瘤项目，成立了免疫细胞制备室。学术带头人、全国名老中医专家刘德喜主任医师运用脾胃转枢理论，推出系列健脾益胃的药膳食谱和药酒，寓食于医，并根据多年的临床经验创制纯中药制剂—治胃丸、降脂丸。拥有经鼻胃镜、结肠透析机、电子胃肠镜等专科诊疗设备。形成了以中医特色治疗胃脘痛、胃痞、久痢三个优势病种，对治疗慢性萎缩性胃炎、慢性浅表性胃炎，胃、十二指球部溃疡、溃疡性结肠炎等具有很好的疗效。
3、骨伤科
三亚市中医院骨伤科是国家中医药管理局重点专科。设有骨伤一科创伤病区（创伤骨科、手足显微外科、颅脑外科） 、骨伤二科关节病区（设有膝关节专科、髋关节专科）、骨伤三科脊柱病区（设有腰椎专科、颈椎专科）以及骨伤康复区四个病区，7个专业方向。骨伤科还是中西医疗效显着的国家重点专科。为琼南地区规模最大、综合实力最强的中医骨伤专科。硬件设施骨伤科拥有椎间盘镜、关节镜、显微镜等中西医先进诊疗设备。业务能力方面，骨伤科能开展脊柱、关节、创伤、显微和康复等骨伤疾病的手术和中医特色诊疗技术。
4、肾病科
三亚市中医院肾病科为医院重点培育专科，以中西医结合治疗肾脏疾病为特色和优势。拥有除颤仪、心电监护仪、心电图机、微量注射泵等先进抢救治疗设备。采用中医辨病辨证与西医诊疗技术相结合，对各类急、慢性肾炎，急性肾损伤，尿毒症，泌尿系结石并感染等疾病进行临床诊断和治疗，能达到预期的治疗效果。同时重视中医内治法与外治疗法相结合，开展独具特色的中药内服、外洗、中药塌渍、穴位贴敷、结肠透析等治疗项目。