射洪市中医院擅长的科室有骨科、肛肠科、内科、妇产科等。
1、骨科
射洪市中医院骨科是四川省重点中医专科、国家农村特色中医专科。运用中西医结合治疗骨伤骨病特色优势明显，采用手法整复和外固定治疗四肢骨折、关节脱位疗效独到。勇于创新，大胆引进现代诊疗技术，率先在该地区开展了人工关节置换术、复杂骨盆骨折的手术治疗、骨科微创技术，填补了本地区多项技术空白。
2、肛肠科
射洪市中医院肛肠科是遂宁市市级重点专科、省级重点专科。诊治疾病包括混合痔、环状混合痔、混合痔内痔嵌顿、肛乳头纤维瘤、肛窦炎等。开展了混合痔外剥内扎术、肛裂手术扩肛治疗、肛瘘切开挂线术、高位复杂性肛瘘断管过桥术、肛周脓肿切开引流术等传统中医治疗方法。
3、内科
射洪市中医院内科是以心血管内科、呼吸内科为特色优势专科，集血液、风湿亚专业为一体的临床科室，其中心病科为市中医重点专科、省中医重点专科建设单位。充分发挥中医药特色，以西医辨病、病症结合的中西医结合治疗模式，开展了中药内服，结合非药物的中医特色疗法，如艾灸、中药敷贴等。对心血管内科系统疾病如心肌炎、心包炎和心内膜炎有丰富的临床经验，治疗理念先进，治疗方法规范，诊疗技术水平处于本地区领先地位。
4、妇产科
射洪市中医院妇产科广泛开展规范化孕期检查、无痛人流、无痛可视人流、无痛安环取环、无痛分娩、新式剖宫产等，以及开展子宫切除、卵巢囊肿剥除、宫颈癌根治术、卵巢癌细胞减灭术等开腹手术，其腹腔镜下不孕症检查、卵巢囊肿剥除、子宫切除、子宫肌瘤剜除等技术属市、县领先水平。