新疆肛肠科医院排名靠前的是新疆维吾尔自治区人民医院肛肠外科、新疆医科大学第一附属医院肛肠科、新疆医科大学第二附属医院肛肠外科等，新疆维吾尔自治区人民医院肛肠外科2016年获评自治区级重点专科，结直肠肛门病诊疗水平全疆领先；新疆医科大学第一附属医院肛肠科是集医疗、教学、科研为一体的专科，以微创手术为核心特色，改良多项传统术式降低术后并发症风险；新疆医科大学第二附属医院肛肠外科建科13余年，已发展为以微创手术为特色的专科，可覆盖20余种肛肠疾病的诊疗。
1、新疆维吾尔自治区人民医院 肛肠外科
该科室成立于2006年，2016年科室被评为自治区级重点专科，2022年开始实施主诊医师负责制，结直肠肛门病的诊疗水平全疆领先，诊治病种覆盖结直肠疾病、盆底疾病、肛周疾病三大类数十种病症。科室拥有肿瘤遗传筛查、3D可视化诊断、达芬奇/腹腔镜微创结直肠手术、便秘规范化诊疗、肛周疾病微创治疗等先进技术；护理团队本科学历以上护士占84.6%，专科护士占76.9%，覆盖伤口造口、肿瘤等多个方向，开展多项特色护理服务。
2、新疆医科大学第一附属医院 肛肠科
该科室是集医疗、教学、科研为一体的专科，以肛肠疾病诊治为重点，以微创手术为特色，在传统手术方法基础上不断改良术式：包括改良低切高挂术治疗高位马蹄形肛瘘、改良外剥内扎粘膜悬吊保留肛垫术治疗环状混合痔、改良弧形闭合式内括约肌侧切术治疗晚期陈旧性肛裂，既缩短住院天数、减少诊疗费用，又可避免术后肛门狭窄、肛门失禁等并发症。科室率先在院内开展小切口微创法治疗顽固性肛门瘙痒，其中经会阴括约肌上行肌瓣旋转治疗肛门失禁伴直肠阴道瘘的案例，荣获2011年一附院年终疑难杂症抢救治疗优秀奖，后续还将引进直肠测压仪、肠道水疗机等先进设备。
3、新疆医科大学第二附属医院 肛肠外科
该科室创建至今已13余年，目前已往以微创手术为特色的专科方向发展，诊治范围覆盖24类肛肠相关疾病，既包含内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛周脓肿、肛瘘等常见肛周疾病，也涵盖复杂性肛瘘、坏死性筋膜炎、骶前肿瘤、会阴裂伤、直肠阴道瘘、大便失禁等疑难重症，可满足不同层级肛肠疾病患者的诊疗需求，持续打磨微创专科技术优势。
4、中国人民解放军新疆军区总医院 肛肠科
该科室由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成，科室医师团队均具备主治医师及以上职称，临床实践积累充足，熟悉肛肠科常见病、多发病、疑难病的诊治规范。科室在多类肛肠疾病诊疗方面具有显著优势，具体覆盖痔疮、肛裂、直肠脱垂、肛乳头肥大、肛周脓肿、肛瘘等肛周疾病，以及慢性便秘、肠易激综合征、慢性结肠炎、直肠息肉等结直肠功能性与器质性疾病，可根据患者的具体病情制定对应的诊疗方案，保障诊疗的针对性与有效性。
5、新疆阿克苏地区第一人民医院 肛肠科
该科室由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成，科室医师团队均为主治医师及以上职称，熟悉肛肠科常见病、多发病、疑难病的诊疗规范。科室诊疗优势突出，具体涵盖的病种包括痔疮、直肠脱垂、肛乳头肥大、肛裂、肛瘘等肛周常见疾病，以及慢性便秘、肠易激综合征、慢性结肠炎、非特异性肠炎等结直肠相关疾病，可针对不同患者的病情特点制定适配的诊疗方案，为当地肛肠疾病患者提供专业的诊疗服务。
