北京中医药大学东方医院擅长肿瘤科、妇科、脾胃肝胆科、呼吸热病科、肾病科，这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、肿瘤科
是教育部“211”工程重点建设学科、国家食品药品监督管理局新药临床试验研究基地，是首都中医药工作军民融合发展战略合作优势专科共建单位。科室以“老年肿瘤绿色治疗”为诊疗特色，成为了东方医院最具科研创新能力、最具社会影响力的科室之一。
2、妇科
是国家中医药管理局重点学科，也是国家中医药管理局十一五重点专科盆腔炎、不孕症协作组副组长单位。为北京市首家开展夫精人工授精技术的中医医院，在全国中医妇科领域享有较高的声誉。科室具备完善的诊疗设备，以传统中医理论和现代医学理论为指导，采用独具特色的中医、西医及中西医结合诊疗方法，在治疗不孕症、盆腔炎性疾病等方面，积累了丰富的临床经验。
3、脾胃肝胆科
是国家教育部中医内科学重点学科、国家消化病临床重点专科、国家中医药管理局脾胃病重点专科，同时还是北京市中医脾胃病特色诊疗中心。负责组织起草行业标准《溃疡性结肠炎中西医结合诊疗共识意见》等多项中西医结合诊疗共识意见。主编了全国高等医药院校创新教材《中医内科学》等，其医疗、教学、科研等方面在国内有很大的影响力。
4、呼吸热病科
为卫计委国家临床重点专科（肺病）、国家中医药管理局肺病重点专科、中国咳嗽联盟成员单位，在行业内有较强的学术影响力。现已建设成为具有完整的学术梯队，较强的医疗、教学和科研能力，人才梯队较合理、设备先进、医疗技术全面、特色鲜明的肺病专科。
5、肾病科
是国家中医药管理局重点专科、北京市中医药管理局中医携手工程重点专科、东方医院重点科室。形成并创新了具有科室中医、中西医结合治疗肾脏病的特色诊疗，在诊治肾炎、肾病综合征、糖尿病肾病、肾功能不全及尿路感染等疾病方面取得了满意疗效，深受患者好评。
