武汉市中心医院擅长的科室有风湿免疫科、心脏外科、胃肠外科、急诊科等。
1、风湿免疫科
武汉市中心医院风湿免疫科，诊治疾病范围包括类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、多肌炎、强直性脊柱炎、痛风及系统性血管炎、白塞病等风湿免疫性疾病；能独立开展血浆置换、免疫吸附、肾活检、皮肤肌肉活检等临床操作技术。科室尚能进行关节局部穿刺及药物注射治疗、新型生物制剂与中药联合治疗、免疫吸附治疗、物理治疗、生活方式及康复指导等相结合的综合治疗法，使患者得到有效的治疗，缓解病情。
2、心脏外科
武汉市中心医院心脏外科，每年完成各类心脏手术500余例，在先天性心脏病外科手术和介入封堵婴幼儿复杂先心外科矫治，心脏瓣膜成形和瓣膜置换，停跳和不停跳冠状动脉旁路移植术，真性胸腹主动脉瘤、主动脉夹层动脉瘤、假性动脉瘤和主动脉外伤的外科治疗和电视胸腔镜下心脏微创手术等方面积累了丰富的临床经验。
3、胃肠外科
武汉市中心医院胃肠外科创建于20世纪50年代，是武汉地区创建最早的专科之一，为鄂、豫、赣、皖等省培养了大批胃肠专科人才，在省内外享有盛誉，是湖北省重点专科。著名普外科专家高有炳、郑英健教授等先后担任该科学科带头人。年平均收治病人数1500余人，施行手术1200余例，业务水平及医疗技术在市级医院名列前茅。
4、急诊科
武汉市中心医院急诊科，能成功进行心肺复苏、呼吸支持、中心静脉置管、血流动力学监测、中毒血液灌流、安置心脏临时起搏器、创伤急诊手术等操作。同时，科室能成功完成急性心衰、急性心梗、高血压急危重症、恶性心律失常、主动脉夹层、急性脑血管意外、急性呼吸功能衰竭、急性消化道大出血、严重水电解质紊乱、癫痫持续状态、重症肺炎、重症哮喘、顽固性休克的救治以及严重创伤病人的术前、术后监护等治疗。