小儿神经内科比较好的医院是复旦大学附属儿科医院、首都医科大学附属北京儿童医院、重庆医科大学附属儿童医院，复旦大学附属儿科医院神经内科是全国成立最早的儿科神经专业之一，科室为全国儿科神经发育障碍及危重症疑难复杂及罕见的临床诊治与研究中心、全国儿科神经专业人才培养的重要基地。首都医科大学附属北京儿童医院神经内科是我国小儿神经内科的发源地之一，重庆医科大学附属儿童医院神经内科是西部地区儿童神经疾病诊治中心。
第一名：复旦大学附属儿科医院-神经内科
复旦大学附属儿科医院神经内科是当时全国成立最早的儿科神经专业之一，神经内科医疗水平与学科建设在临床服务、科研教学、人才培养等方面不断发展，成为具有鲜明专科特色、高质量临床与转化研究水平和坚实梯队结构的小儿神经专业队伍。科室为全国儿科神经发育障碍及危重症疑难复杂及罕见的临床诊治与研究中心、全国儿科神经专业人才培养的重要基地。
第二名：首都医科大学附属北京儿童医院-神经内科
首都医科大学附属北京儿童医院神经内科是我国小儿神经内科的发源地之一，对儿童神经科常见病及罕见病有丰富的临床经验，主要收治各种癫痫尤其是难治性癫痫病人。在小儿神经免疫性疾病，如各种免疫性脑炎、神经根炎、重症肌无力、小脑共济失调、多发性硬化、视神经脊髓炎、脊髓炎等的诊断和治疗达国内领先水平。
第三名：重庆医科大学附属儿童医院-神经内科
重庆医科大学附属儿童医院神经内科属我国最早成立的小儿神经专科之一，为重庆医科大学附属儿童医院重点学科，是西部地区儿童神经疾病诊治中心，对惊厥性脑损伤和周围神经疾病的实验研究达国际先进水平。开展的生酮饮食、迷走神经刺激术等综合治疗，使难治性癫痫的治疗达到国内先进水平；建立神经肌肉病、脱髓鞘疾病、神经免疫性疾病、中枢神经系统感染等疾病的规范化诊疗常规。
第四名：浙江大学医学院附属儿童医院-神经内科
浙江大学医学院附属儿童医院神经内科为浙江省小儿神经系统疾病诊治中心，科室技术力量雄厚，对小儿癫痫、中枢神经系统感染性疾病、神经免疫性疾病、神经肌肉疾病、遗传代谢性疾病、热性惊厥、偏头痛、多动症、抽动症及儿童神经精神发育障碍等疾病的诊治具有指导作用。
第五名：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心-神经内科
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心神经内科是全国成立最早的儿科神经专业之一，主要擅长诊治热性惊厥、胃肠炎伴惊厥、癫痫等各种惊厥性疾病，抽动症、头痛头晕等发作性疾病，病毒性脑炎、化脓性和真菌性脑膜炎、免疫性脑炎及感染相关性脑病，重症肌无力，脑性瘫痪及其他类型瘫痪，智力、运动、语言发育落后，肌营养不良等肌肉病，线粒体脑肌病等。
第六名：北京大学第一医院-小儿神经内科
北京大学第一医院小儿神经内科是国内设立的第一个儿科神经专业组，总体学科水平全国领先，引领该领域的发展方向，率先在国内建立以抗痫药为主的儿科药物治疗监测中心，在国内儿科首先开展24小时动态脑电图及视频脑电图监测。已形成具有突出特色的儿科神经病学现代化综合诊治和研究体系，先后获国家级及部委级科技进步奖多项。
第七名：上海交通大学医学院附属新华医院-小儿神经内科
上海交通大学医学院附属新华医院小儿神经内科由我国小儿神经学术领域颇具学术威望的汪梅先教授亲手创建，在小儿神经系统各类疾病的诊治上具有丰富的临床经验和完善的辅助检查手段，在癫痫、热性惊厥、脑性瘫痪、中枢神经系统感染性疾病、脊髓疾病、周围神经病和脑血管病等积累了较多的成熟临床经验。
第八名：四川大学华西第二医院-儿童神经科
四川大学华西第二医院儿童神经科为四川省医学会儿童神经学组长单位、中华医学会儿科神经学组副组长单位，并成为在西南地区乃至全国享有声誉的神经专科。科室对神经系统危急重症、神经系统感染性疾病与脱髓鞘疾病、神经发育异常、肌肉病变等疾病的诊治积累了丰富的经验，对癫痫、中枢神经系统感染、脑性瘫痪有较深入研究，尤其在难治性癫痫的治疗和管理中有丰富的经验。
第九名：中国医科大学附属盛京医院-小儿神经病科
中国医科大学附属盛京医院小儿神经病科是国内较早的小儿神经病学博士学位授权之一，目前是中华医学会小儿神经学组和儿科临床药理学组委员单位、东北三省小儿神经学组主任委员单位等。拥有一批临床经验丰富、专业技术精湛的专家和教授，在全国较早开展神经影像学检测，应用大剂量甲基强的松冲击疗法、大剂量丙种球蛋白冲击疗法治疗治疗格林-巴利综合征、颅内感染等炎症疾患，在炎症及脱髓鞘疾病诊治方面积累了经验。
第十名：广州市妇女儿童医疗中心-儿内科
广州市妇女儿童医疗中心儿内科，是华南地区诊疗水平高、综合实力强的儿童科室，已连续三年被评为“广东医院最强科室”。科室多名医生先后获评“岭南名医”、“羊城好医生”、“广东医院最强科室之实力中青年医生”等荣誉，是一支技术过硬的医疗团队。儿内科主要负责儿科常见病（包括呼吸、消化）以及未明确就诊专科的诊断与处理，对呼吸、消化系统等儿科常见症状关联的常见病或复杂疑难疾病、早期危重症病儿童的识别与救治等有相当丰富的经验和较高的水平。