武汉市第三医院擅长的科室有皮肤科、消化内科、肾内科、产科、泌尿外科等。
1、皮肤科
武汉市第三医院皮肤科，已发展为集皮肤激光治疗中心、皮肤外科治疗中心、皮肤特色治疗中心、过敏原筛查治疗中心、皮肤脱敏治疗中心、皮肤病研究所、两个病区及多个专科门诊为一体的重点学科。现开设的专科门诊有痤疮、黄褐斑、银屑病、白癜风、斑秃、湿疹、扁平疣、慢性荨麻疹、皮肤真菌病、血管瘤、瘢痕疙瘩等专科门诊。
2、消化内科
武汉市第三医院消化内科，拥有各型消化内镜设备及现代化的内镜消毒清洗设备，如290内镜系统、二郎神内镜超声系统、内镜超声探头、内镜治疗工作站等。科室开展的专科技术项目有常规及无痛胃肠镜检查；染色放大内镜诊断消化道早癌；超声内镜检查及治疗；胶囊内镜检查；多种手段的HP检测等。科室专科特色十分明显，无痛胃肠镜在高危人群中的应用及肝硬化并食管胃底静脉曲张内镜联合放射介入治疗作为专科特色重点发展。
3、肾内科
武汉市第三医院肾内科，收治病种齐全，包括原发性肾小球肾炎、肾病综合征、继发性肾小球疾病、尿路感染、间质性肾炎、肾小管疾病及急、慢性肾功能衰竭等各种肾脏疾病，尤其用中西医结合治疗早、中期慢性肾功能不全、难治性肾综、糖尿病肾病、狼疮性肾炎及尿道综合征等取得了较好的疗效。科室能开展B超引导下经皮肾脏穿刺活检术、动静脉内瘘造瘘术、中心静脉临时及永久置管以及腹膜透析置管。
4、产科
武汉市第三医院产科，承担着市级急危重症孕产妇和新生儿的救治、会诊、转诊及技术指导工作。医院在出生缺陷预防干预、产前诊断、产科疾病诊疗、妇女儿童健康促进等方面独具特色，优势突出，医疗保健服务辐射全省乃至外省市。
5、泌尿外科
武汉市第三医院泌尿外科，目前具备最前沿的结石治疗技术手段和结石防治理念，可开展经尿道电子输尿管软镜、经皮肾镜（包括超细肾镜）结合钬激光及三代超声等碎石技术微创治疗各种复杂泌尿系结石、鹿角结石等；特色的结石成分分析结合患者生活饮食习惯，帮助患者预防结石再发。目前科室针对不同类型的前列腺增生男性患者，采用先进的经尿道前列腺激光剜除法。
