上海顶尖儿科相关科室前三甲及重点科室是复旦大学附属儿科医院心内科、上海交通大学医学院附属新华医院小儿心脏中心、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心儿内科。
复旦大学附属儿科医院 心内科是国内较早的儿科三级学科，为驰名小儿心脏内科诊治中心。上海交通大学医学院附属新华医院 小儿心脏中心是国内最早开展小儿先心病诊治的专科，诊疗水平国内一流。上海交通大学医学院附属上海儿童医学 中心儿内科，其神经专业为全国最早成立的儿科神经专业之一，疑难病例诊治能力突出。
1、复旦大学附属儿科医院 心内科
创建于1956年，是国内较早的儿科三级学科之一，也是集医、教、研一体的国内驰名小儿心脏内科诊治中心。1957年率先开展小儿心导管检查，1984年启动先心病介入治疗，新生儿介入治疗为国内较早开展的中心之一，在低龄患儿重症瓣膜狭窄、主动脉弓缩窄介入治疗方面疗效显著、并发症极低。
牵头制定我国首个“川崎病冠状动脉病变临床处理建议”，相关课题获中华医学科技奖二等奖等多项荣誉，在重症川崎病诊治、顽固性心律失常综合治疗及各类小儿心脏疾病规范化诊疗方面极具优势。
2、上海交通大学医学院附属新华医院 小儿心脏中心
创建于上世纪70年代，是国内最早开展小儿先天性心脏病诊治的临床专科，集医、教、研于一体，国内一流且在国际儿科学界享有良好声誉。特色为“镶嵌治疗”，融合介入与外科手术，提升复杂心脏病治疗水平。
是上海市高教局重点学科、上海市医学领先学科等，承担国家科技部攻关项目、863计划等数十项课题，荣获国家、省市级科技进步奖、宋庆龄儿科医学奖等十余项荣誉。在孙锟教授带领下，在先天性心脏病围产期监护、复杂先心病诊疗方面处于国内领先，与国际顶尖先心病诊治中心有常年学术交流。
3、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 儿内科
其神经专业是全国最早成立的儿科神经专业之一，专注于0-18周岁儿童青少年神经系统疾病诊疗、教学与科研。担任中国抗癫痫协会相关专业委员会副主任委员、中华医学会儿科神经学组委员等职务，也是上海市住院医师、专科医师规范化培训基地。2012年牵头成立“儿童癫痫诊治中心”，推行多学科一站式诊疗，开展ACTH治疗、生酮饮食、癫痫手术等，疗效满意。在热性惊厥、癫痫、脑炎、脑性瘫痪、发育落后及罕见神经肌肉病诊治方面经验丰富，疑难病例处理能力突出。
4、上海市儿童医院 心脏内科
成立于20世纪70年代，是国内最早建立的儿科心血管专科之一，集临床、教学、科研于一体，国内一流。拥有多名知名专家，《小儿心脏病学》主编杨思源教授是国内唯一世界小儿心脏病协会委员，钱晋卿教授是国内先心病介入治疗先驱。1978年率先开展心导管检查，1983年最早开展动脉导管未闭经导管封堵术并获上海市科技进步三等奖。在先天性心脏病介入、小儿心律失常射频消融、川崎病诊治方面经验丰富，承担国家自然科学基金、中日合作项目等课题，开展多项川崎病相关新技术，在肺动脉高压、血管迷走性晕厥等疾病诊疗上具特色。
5、复旦大学附属中山医院 儿科
由临床经验丰富的高职称医务人员组成，是上海儿科领域的重要诊疗阵地。科室深耕儿科常见病、多发病及疑难病诊治，尤其在感冒、上呼吸道感染、支气管炎、肺炎等呼吸系统疾病，肠炎、腹泻等消化系统疾病，以及维生素D缺乏性佝偻病的诊疗上优势明显。同时，在新生儿窒息、缺血缺氧性脑病、新生儿颅内出血等新生儿重症的救治方面经验扎实、疗效确切，为儿童健康提供全面、优质的诊疗服务。
