鄂尔多斯医院排名靠前的有鄂尔多斯市中心医院、鄂尔多斯市蒙医医院、准格尔旗中心医院等。其中鄂尔多斯市中心医院拥有国家级临床重点建设专科重症医学科和自治区领先学科超声医学科；鄂尔多斯市蒙医医院拥有国家级重点专科建设项目1个，自治区重点专科建设项目4个；准格尔旗中心医院是市级文明单位标兵，被国家卫生部指定为国际紧急救援中心网络医院之一。
第一名：鄂尔多斯市中心医院
鄂尔多斯市中心医院，是鄂尔多斯唯一的三级甲等综合医院，是内蒙古医科大学临床医学院，成立了内蒙古自治区超声影像研究所，是自治区超声质量控制中心，拥有国家级临床重点建设专科重症医学科和自治区领先学科超声医学科。建立了国家消化疾病临床医学研究中心分中心、京蒙合作消化疾病医疗中心、胸痛中心、心衰中心、头痛中心、卒中中心。影像医学、超声医学等专业水平居于自治区先进地位。
第二名：鄂尔多斯市蒙医医院
鄂尔多斯市蒙医医院，是一所集蒙医医疗、科研、教学、蒙药制剂为一体的国家三级甲等蒙医综合医院。有国家级重点专科建设项目1个（传统疗术科），自治区重点专科建设项目4个（传统疗术科、皮肤科、心身医学科、康复科）。在临床治疗方面，鄂尔多斯市蒙医医院以蒙医治疗为基础，采用能蒙不西、先蒙后西、蒙西医结合的方式，并配合蒙医传统疗术治疗各类慢性病及疑难杂症。
第三名：准格尔旗中心医院
准格尔旗中心医院是一所三级综合医院，集医疗、预防保健、科研教学、体检、职业病诊查和计划生育指导为一体，是市级文明单位标兵，被国家卫生部指定为国际紧急救援中心网络医院之一。拥有1.5T核磁共振、16排螺旋CT、彩超、CR、DR成像系统、口腔CT、全自动生化分析仪、化学发光仪、尿液自动分析系统等各种高端设备50多套。医院特别重视学科建设及人才引进和培养，普外科、泌尿外科、胸外科腔镜手术已突破千例。
第四名：准格尔旗中蒙医院
准格尔旗中蒙医院，是一所集医疗、预防、保健、教学为一体的具有中蒙医特色的三级甲等综合医院，医院设有急诊科、内科、外科（骨科）、妇产科、儿科、蒙医科、针灸推拿科、肛肠科、皮肤性病科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、检验科、CT室、X光室、B超室、心电图室、脑电图室、手术麻醉科等临床医技科室。针灸推拿科被鄂尔多斯市卫生局确定为全市中蒙医特色重点专科。
第五名：鄂尔多斯市达拉特旗人民医院
鄂尔多斯市达拉特旗人民医院是该地区唯一一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的大型公立三级综合医院，现有市级重点学科6个，分别是妇科、产科、手术麻醉科、心血管内科、神经内科、普外科（包括泌尿、肿瘤、胸外专业）。其中妇产科的腹腔镜下筋膜内子宫切除术获鄂尔多斯市科技进步三等奖，填补了全市空白；麻醉科的“无痛人流”被评为市级科研成果。
第六名：鄂尔多斯市中医医院
鄂尔多斯市中医医院是一所集中医医疗、预防、康复、保健为一体的综合性三级中医医院，开设了针灸科、骨伤科等27个一级临床科室；14个行政职能科室，11个医技科室；自治区中医特色优势重点专科3个（针灸科、妇产科、肾病科），自治区中医特色优势重点专科在建设项目3个（脾胃病科、脑病科、骨伤科），市级重点学科2个（康复医学科、肿瘤科），市级重点专科7个。