儿童神经外科比较好的医院排名靠前的是首都医科大学附属北京儿童医院、复旦大学附属儿科医院、重庆医科大学附属儿童医院等。首都医科大学附属北京儿童医院神经外科被称为外科领域里的皇冠，部分技术处于国内领先位置；复旦大学附属儿科医院神经外科是我国最早开展小儿神经外科工作的单位之一，手术量位居国内前列；重庆医科大学附属儿童医院神经外科规模及诊治水平在国内儿童医院中位居前列。
第一名：首都医科大学附属北京儿童医院-神经外科
首都医科大学附属北京儿童医院神经外科被称为外科领域里的皇冠，而小儿神经外科则被誉为是皇冠上的明珠。目前拥有国内领先的神经外科大型医疗设备，在国内著名小儿神经外科葛明教授的带领下，可收治小儿神经外科全部病种。在治疗中枢神经系统肿瘤及先天性神经管畸形等方面处于国内领先位置，并在颅骨重建方面处于国内领先位置。
第二名：复旦大学附属儿科医院-神经外科
复旦大学附属儿科医院神经外科，是我国最早开展小儿神经外科工作的单位之一，为儿外科国家重点专科的重要组成部分，是卫生部癫痫外科特色专科建设项目及上海市儿童创伤中心所在科室。年手术量近千例，位居国内前列。在国内首先开展儿童意外伤害病床旁咨询，也是我国最早开展儿童亚低温及颅内压监测治疗重度颅脑外伤的单位。
第三名：重庆医科大学附属儿童医院-神经外科
重庆医科大学附属儿童医院神经外科是全国成立最早的儿童神经外科之一，目前已成为具有一定规模、技术力量雄厚、设备优良的儿童神经外科疾病诊治中心，规模及诊治水平在国内儿童医院中位居前列。现为中华医学会神经外科学分会小儿神经外科学组副组长单位，重庆市医学会神经外科学分会小儿神经外科学组组长单位。
第四名：广州市妇女儿童医疗中心-小儿神经外科
广州市妇女儿童医疗中心小儿神经外科，年收治儿童病例数位于华南地区首位，水平已跻身国内领先水平，承担多项国家、省市科研项目，引进了国际高端实验室人才，让常见病的诊治理念与世界水平保持同步。近年来，小儿神经外科对小儿神经系统疑难危重病的外科诊治居于国内先进水平，如婴幼儿难治性癫痫功能性大脑半球切除术；松果体区肿瘤显微切除术等。脊髓栓系综合征、颅缝早闭等诊治的数量和水平居于国内领先水平。
第五名：上海交通大学医学院附属新华医院-小儿神经外科
上海交通大学医学院附属新华医院小儿神经外科，是国家“211工程”建设重点学科和上海市重点学科儿科的重要组成部分，是医院重点学科、博士学位授权点，隶属于上海市临床医学中心——小儿外科畸形矫治中心，是国内最早的小儿神经外科进修医师培训基地。科室已成为集医疗、教学、科研于一体的国际化小儿神经外科中心，并与国外多家脑肿瘤研究中心建立了合作关系。
第六名：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心-神经外科
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心神经外科，是国内最早独立创建小儿神经外科的儿童专科医院之一，在国内享有较高声誉。在神经管闭合不全及脑积水的治疗中有独到见解，于国内早起成立儿童预领面畸形纠治中心，专注于各种狭预症的手术治疗。年狭颅症手术，无论是手术年龄、手术数量，还是手术难度上都处于国内领先水平。
第七名：首都儿科研究所附属儿童医院-神经外科
首都儿科研究所附属儿童医院神经外科，被称为外科领域里的皇冠，而小儿神经外科则被誉为是皇冠上的明珠。目前拥有国内领先的神经外科大型医疗设备，如ROSA机器人操作系统、美敦力S7术中导航系统等，可收治小儿神经外科全部病种。在治疗中枢神经系统肿瘤及先天性神经管畸形等方面处于国内领先位置，率先在国内开展微创下通过神经内镜行颅骨条状切除术治疗颅缝早闭，在颅骨重建方面处于国内领先位置。
第八名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-小儿外科
上海交通大学医学院附属瑞金医院小儿外科，1954年在全国率先成立，擅长先天性脐茸、包茎等疾病的治疗，在小儿骨折、小儿多指、臂丛神经损伤等疾病的治疗方面独具特色，拥有丰富的临床诊治经验，其中达芬奇机器人辅助手术操作系统在治疗胰腺肿瘤方面处于全国领先。
第九名：浙江大学医学院附属儿童医院-神经外科
浙江大学医学院附属儿童医院神经外科，开展于20世纪90年代，是全国儿童医院中成立最早的神经外科之一。目前已成为具有一定规模、技术力量较雄厚、设备优良的专业从事小儿神经外科疾病诊治的学科，规模及诊治水平在国内儿童医院中位居前列。科室拥有先进的医疗设备，满足当前国内小儿神经外科疾病的前沿诊疗需求，已经形成完整有效的治疗模式，力求与国际水平接轨。