北京大学第三医院擅长的科室有生殖医学中心、妇产科、骨科、泌尿外科、康复医学科，学科特色鲜明，优势明显。患者可以根据身体的情况选择适合的科室就诊。
1、生殖医学中心
世界上诊疗规模最大、技术最全面的生殖健康研究中心，先后诞生了我国大陆首例和第二例试管婴儿、首例赠卵试管婴儿、首例冻融胚胎试管婴儿及世界第二例、国内首例“三冻”试管婴儿等。
2、妇产科
国家教委重点学科，国家妇产疾病临床医学研究中心，国家产科专业医疗质量控制中心，国家助产士规范化培训基地，也是全国综合医院妇产科中规模最大的集医、教、研为一体的临床工作实体之一。
3、骨科
国家级重点学科，获得教育部“创新团队”称号，完成多项“世界第一例”、“国内第一例”的外科手术，并成为国内最早开展人工关节手术和动物实验研究的学科之一。
4、泌尿外科
科室已发展成为集临床、科研、教学于一体的国内外享有盛誉的大型泌尿外科诊疗中心，为卫健委国家临床重点建设专科、教育部国家重点学科，综合医疗实力雄厚，并且有独立的实验室，开展了多项基础研究和转化研究。
5、康复医学科
获原卫生部国家临床重点专科建设项目，成立了国家级康复医学质控中心。在复旦专科排行榜中，多年保持全国第7名的成绩。
此外，医院的病理科、运动医学科、整形外科、药剂科也拥有高超的诊疗技术，为患者就医提供可靠基础和保障。