解放军第309医院擅长妇产科、肿瘤科、儿科、全军器官移植研究所、耳鼻喉科等。
1、妇产科
解放军第309医院妇产科，对于常见妇科恶性肿瘤的治疗如子宫内膜癌、宫颈癌、卵巢癌等有高超的手术技术，在恶性肿瘤的根治手术、辅助化疗、放疗等综合治疗方面，已跻身国内外先进行列；在微创手术方面，具有先进的宫腔、腹腔镜手术设备，开展的腹腔镜子宫及卵巢肿瘤切除，宫外孕腹腔镜手术治疗等微创手术深受广大女性朋友青睐。
2、肿瘤科
解放军第309医院肿瘤科，根据多年临床经验及国内外研究进展，制定了一整套肿瘤化疗、放疗的优选方案和综合治疗措施，并推行肿瘤单病种“首席专家负责制”和“首选治疗优选制”，从制度上实行治疗前质控，治疗中检查，治疗后评价的监测模式，确保了肿瘤治疗的规范化，和个体化，彻底避免了目前肿瘤治疗中普遍存在的随意行为。
3、儿科
解放军第309医院儿科，开展了早期干预预防脑瘫痪的工作，取得了较好的效果，儿科配备有4台光疗暖箱及成熟的技术配合，对新生儿黄疸有肯定的效果。同时可进行微量元素检测、听力检测、过敏元检测、小儿肝症等检查治疗。
4、全军器官移植研究所
解放军第309医院全军器官移植研究所是集临床、教学、科研为一体的综合性多器官移植研究所，中心下设移植外科、泌尿外科、肝胆外科、肾脏病科、血液病科、细胞治疗科和器官移植研究室，同时设有重症监护病房、无菌层流病房、血液净化病房核体外碎石中心。
5、耳鼻喉科
解放军第309医院耳鼻喉科，拥有STORZ鼻内镜及手术监视系统、Madsen纯音测听仪、Madsen声导抗仪、Zeiss手术显微镜等先进设备。设有专业睡眠监测室和听力检查室，常规开展纯音测听、声导抗测听、听性脑干反应潜伏期、听性脑干反应阈值、耳蜗电图、诱发性耳声发射、畸变产物耳声发射、多频稳态诱发电位、鼻阻力和鼻阻塞定位等工作。