昆明神经内科医院排名第一的是昆明医科大学第一附属医院，该院神经内科是云南省历史最悠久的神经疾病专科，并且在数十年的发展中不断成熟壮大，在国内有一定地位。除此之外，昆明医科大学第二附属医院神经内科、解放军联勤保障部九二零医院神经内科也比较不错，前者是国家临床重点专科建设项目，后者在脑血管病、脱髓鞘病等方面形成了专科优势。
第一名：昆明医科大学第一附属医院-神经内科
昆明医科大学第一附属医院神经内科，是云南省历史最悠久的神经疾病专科。50年代在云南省率先开设神经疾病专科门诊及病房收治病人，在数十年的发展中不断成熟壮大，在国内有一定地位。科室在脑血管病、癫痫、痴呆、帕金森病、多发性硬化、周围神经病、神经电生理学、神经遗传学、神经免疫学等方面开展了大量工作等，并在省内具领先水平。
第二名：昆明医科大学第二附属医院-神经内科
昆明医科大学第二附属医院神经内科始建于1989年，是国家临床重点专科建设项目。开设有卒中病房、脑电图室、肌电图室、经颅多普勒超声检查室、神经心理检查，脑脊液细胞学检查室等相关功能技术科室。先后被列为卫生部全科医师培训基地、卫生部卒中筛查基地，国家卫生部临床药理实验基地，云南省继续医学教育基地、云南省脑血管病研究所。每年承担着大量的省内地州、省外医师培训任务。
第三名：解放军联勤保障部九二零医院-神经内科
解放军联勤保障部九二零医院神经内科，拥有高压氧室、神经电生理室、神经分子生物学诊断室、神经心理室、血流变学室、脑病生理治疗及生物反馈治疗室，在脑血管病、脱髓鞘病、CO中毒、变性病、脑囊虫病、颅内病毒性感染、睡眠障碍等方面形成了专科优势。
第四名：云南省第一人民医院-神经内科
云南省第一人民医院神经内科成立于1980年。目前是云南省规模最大、亚学科建设最全的学科。科室的辅助诊疗技术在省内均处于领先地位。2010年来先后获得了“卫计委卒中质量控制中心”，“卫计委脑损伤、脑死亡评估中心”，“中国卒中中心联盟-卒中中心”、“卫计委科研型卒中筛查中心”。
第五名：云南大学附属医院-神经内科
云南大学附属医院神经内科现为国家卫健委高级卒中中心建设单位，中国抗癫痫协会一级癫痫中心。是云南大学、昆明医科大学、大理大学、云南中医药大学硕士研究生培养点（神经病学、内科学、医学遗传学、护理学），国家级住院医师规范化培训基地（神经内科专业）。主持省部级各类科研课题17项，先后获得多项云南省卫生科技成果奖，形成了集医疗、教学、科研、康复及健康教育为一体的特色科室。
第六名：云南省第三人民医院-神经内科
云南省第三人民医院神经内科组建于2005年，是国家神经系统疾病临床研究中心、中国卒中中心联盟、中国卒中学会和中国帕金森联盟协议单位，是云南省神经内科专科的规培基地。科室目前能开展全脑血管造影术、颅内动脉支架、动脉瘤栓塞、动脉溶栓取栓、球囊扩张等手术。
第七名：昆明市第二人民医院-神经内科
昆明市第二人民医院神经内科，是由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成。熟悉神经内科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗脑梗塞、癫痫、神经性头痛、面神经麻痹、帕金森病、脑出血、失眠、脑血管供血不足等方面具有显著优势。