南京男科最权威的医院排名为南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院、东部战区总医院、南京市第一医院等，此榜单依据复旦大学医院管理研究所发布的《中国医院专科声誉排行榜》。
1、南京医科大学第一附属医院-泌尿外科：学科体系完备，为国家级、省级重点专科，搭建了多层级教学、科研、临床培训平台，亚专科布局齐全，以微创技术为核心特色，综合诊疗与科研教学实力位居国内先进水平。
2、南京鼓楼医院-男科：拥有省内三甲综合西医院首个独立男科，专科定位精准，是国内多项男科核心技术的专项培训基地，在难治性勃起功能障碍手术治疗领域临床体量位居全国前列，获评国家级男科优质专科品牌。
3、东南大学附属中大医院-泌尿外科：为省级重点专科，较早开展泌尿外科微创诊疗技术，多项男科、尿控领域特色手术居于省内外领先地位，聚焦前列腺癌、男性性功能障碍等疾病的精准微创治疗。
4、东部战区总医院-泌尿外科：为军队重点专科，是中华医学会男科学分会主委单位，教学 、科研、临床体系成熟，对各类男科常见病、疑难病具备扎实的诊疗与研究能力，行业认可度高。
5、南京市第一医院-泌尿外科：省级重点专科，科研与人才培养平台完善，核心优势聚焦前列腺癌早期精准诊断与全程规范化治疗，尿路结石诊疗体量较大，各类泌尿外科、男科常规及特色手术全面开展。
