三甲医院有北京协和医院、四川大学华西医院、中国人民解放军总医院等。其中北京协和医院在复旦版榜连续12年名列榜首，是国家卫健委指定的全国疑难重症诊治指导中心；四川大学华西医院连续12年名列全国第二，是中国西部疑难危急重症诊疗的国家级中心，有国家临床重点专科34个，数量名列全国医院第一；中国人民解放军总医院是全军规模最大的综合性医院，常年位居排行榜前三。
第一名：北京协和医院
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫健委指定的全国疑难重症诊治指导中心，是临床医学研究和技术创新的国家级核心基地，以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在国家三级公立医院绩效考核中两次排名第一，在复旦大学医院管理研究所公布的《中国医院排行榜》中连续十二年名列榜首。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中，排名第一。
第二名：四川大学华西医院
四川大学华西医院，是国家三级甲等综合医院，也是中国一流的医学科学研究和技术创新的国家级基地，综合实力处于国内一流、国际先进行列。医院学科综合实力强大，临床医学ESI排名处于国际顶尖行列（全球前0.5‰）。在成人活体肝脏移植、肺癌外科和微创治疗、心脏介入治疗、脑神经外科及功能神经外科、中西医结合治疗重症胰腺炎、胃肠微创手术、临床麻醉、功能磁共振、核医学等多个领域处于国内乃至世界领先水平。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第二。
第三名：中国人民解放军总医院
301医院（中国人民解放军总医院）是集医疗、保健、教学、科研、预防、康复、核生化防护、医学救援于一体，向建设世界一流军队医院迈进的大型现代化综合性医院。医院拥有21个临床医学部、8个国家重点学科，3个军队“双重”学科，5个国家临床医学研究中心，以肾脏疾病国家重点实验室为代表的7个国家级重点实验平台，46个省部级及全军重点实验室，61个全军医学研究所和专科中心。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第三。
第四名：上海交通大学医学院附属瑞金医院
上海交通大学医学院附属瑞金医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院，有着百年的深厚底蕴。医院学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出，尤其在血液内科、心血管内科、肾脏内科和生殖医学等学科方面颇具特色。连续四次获全国文明单位称号，并获得全国五一劳动奖状、全国卫生系统先进集体等诸多荣誉。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第四。
第五名：复旦大学附属中山医院
复旦大学附属中山医院是中国人创建和管理的最早的大型综合性医院之一，是上海市第一批三级甲等医院。在全国三级公立医院绩效考核中，医院位列2020年度全国第一，2021年度全国第二，连续4年获得最高评级“A++”。医院学科综合实力出众，在心脏、肝脏、肾脏等领域的临床能力处于国内顶尖、世界先进水平。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第五。