南昌小儿消化科医院排名靠前的是江西省儿童医院内分泌遗传代谢科、南昌大学第一附属医院儿科、南昌大学第二附属医院儿内科等，江西省儿童医院内分泌遗传代谢科为全省唯一的小儿内分泌专业，开设多个专病门诊，也可处理儿童消化相关合并病症；南昌大学第一附属医院儿科是江西省成立最早的一批儿科专科，亚专业包含小儿消化方向，构建一体化儿科重症管理体系；南昌大学第二附属医院儿内科诊疗范围包含消化类疾病，多名医师曾在国内顶尖儿科医院进修，综合诊治能力较强。
1、江西省儿童医院 内分泌遗传代谢科
该科室是全省唯一的小儿内分泌专业，2007年在省内最早开设多个专病门诊，亚专业覆盖儿科内分泌、遗传代谢、小儿妇科、性发育异常，在处理儿童内分泌疾病合并消化不适、营养不良等小儿消化相关伴随症状方面经验丰富。科室年门诊量到2021年达到21.15万人次，立项课题90余项，含国家自然科学基金与国家科技部重大专项课题，多项课题鉴定为全国领先、全国先进。科室可对厌食、胃肠功能紊乱、代谢异常引发的消化问题开展综合评估，结合遗传代谢筛查寻找病因，兼顾消化症状与基础内分泌疾病的同步管理，适合内分泌合并消化异常的儿童。
2、南昌大学第一附属医院 儿科
该科室拥有80多年历史，是江西省成立最早的一批儿科专科，亚专业包含小儿消化方向，集医疗、教学、科研、预防保健于一体，为儿科学医教研基地。科室构建院前急救、儿科急诊、PICU、NICU一体化儿科重症管理体系，年出院病人超过5000人次，年门诊量超过6万人次，承担国家自然科学基金2项，省部级课题26项，发表SCI论文13篇。科室可规范处理小儿胃肠炎、消化性溃疡、腹痛、腹泻等小儿消化常见病，对重症感染合并消化道损伤、危重患儿消化功能障碍的救治有成熟经验。
3、南昌大学第二附属医院 儿内科
该科室1993年从江西省儿童医院迁入，多名医师在北京儿童医院、复旦大学儿科医院等国内顶尖儿科机构进修，诊疗范围覆盖16岁以下儿童消化等多系统疾病。科室配备心电监护仪、微量输液泵、雾化器等设备，倡导生物—心理—行为—社会的新型诊疗模式，可处理小儿消化不良、反复腹痛、胃肠炎、营养吸收障碍等小儿消化疾病，同步兼顾消化疾病合并生长发育、过敏、风湿免疫类问题。科室开设专病门诊，依托三甲医院综合检查优势，对小儿消化疑难杂症进行一站式排查与综合干预。
4、江西省人民医院 儿科
该科室由多名高级职称医师组成，擅长儿科常见病与多发病，在急性感染性喉炎、化脓性扁桃体炎、疱疹性咽峡炎等上呼吸道感染疾病诊治有优势，也可处理感染伴随的恶心、呕吐、腹泻等小儿消化伴随症状。科室针对感染诱发的胃肠功能紊乱、急性胃肠炎等进行对症治疗，结合整体情况调节患儿胃肠状态，适合轻症小儿消化感染类疾病的门诊诊疗。
5、南昌市第一医院 儿科
该科室成立于1934年，是集医疗、教学、科研为一体的儿科临床科室，门急诊与病区齐全，可处理儿童腹泻、便秘、厌食等小儿消化常见病症，24小时开通危重症患儿救治绿色通道。科室设置儿童保健门诊，兼顾消化吸收不良、营养不良儿童的生长发育监测与营养指导，近3年完成省级课题2项，为儿科国家级规培基地，能够为普通小儿消化疾病提供规范门诊与住院治疗。
