北京针灸科比较好的医院是中国中医科学院西苑医院、中国中医科学院广安门医院、中国中医科学院广安门医院南区，中国中医科学院西苑医院的针灸科是全国成立最早的针灸科之一，并主持和参与了科技部国际合作项目。中国中医科学院广安门医院针灸科是全国创建最早、规模最大的针灸科之一；中国中医科学院广安门医院南区针灸科是北京市中医管理局重点学科建设单位。
第一名：中国中医科学院西苑医院-针灸科
中国中医科学院西苑医院针灸科是全国成立最早的针灸科之一，具有60余年的发展历史。针灸疗法可以治疗脑病科、骨伤科、内科、男科、妇科、五官科、皮肤科等疾病，治疗常见多发病有100多种。针灸科主持和参与科技部国际合作项目，科技部“十二五”科技支撑计划项目，北京市科委“首都临床诊疗技术研究及示范应用”专项，北京市卫健委“首都卫生发展科研专项”，中国中医科学院中医药“一带一路”国际合作项目等科研课题。
第二名：中国中医科学院广安门医院-针灸科
中国中医科学院广安门医院针灸科是全国创建最早、规模最大的针灸科之一，现已发展成为集针灸、神经内科和康复科三位一体的大型专科，是国家中医药管理局重点学科和重点专科。本室设有针灸门诊、脑病门诊、针灸和神内病房、康复室四个分部。特色技术：八髎芒针深刺、毫火针疗法、核桃皮眼镜灸、长圆针、电梅花针、苇管器灸等。先后承担国家十一五和十二五支撑计划、十三五重点研发及国家重点专项等国家级及部局级等课题20余项。
第三名：中国中医科学院广安门医院南区-针灸科
中国中医科学院广安门医院南区针灸科是北京市中医管理局重点学科建设单位。针灸科病房治疗的主要病种包括：脑梗死急性期及后遗症期，脑出血急性期及后遗症期，眩晕，后循环缺血。针灸科门诊主治疾病包括：面神经炎，带状疱疹，颈腰椎病，便秘，胃肠功能紊乱，月经不调及焦虑状态、失眠等。近年来，科室牵头多项科研课题，其中国家级课题1项，省级课题2项，近年来共发表核心期刊十余篇。
第四名：首都医科大学附属北京中医医院-针灸科
首都医科大学附属北京中医医院针灸科已发展成为国家临床重点专科、国家中医药中医针灸重点专科、国家中医药管理局重点学科。建立了全天候的脑血管病急性期绿色通道，开展了脑梗死急性期静脉溶栓、动脉溶栓及机械取栓到恢复期康复的集重症监护抢救、针灸中药治疗、PT/OT康复、语言训练、吞咽训练、肉毒素注射等为一体的全程诊疗。十二五以来，科室共承担包括国家973计划、“中医药现代化研究”重点专项、国家自然科学基金等课题55项。
第五名：北京中医药大学东直门医院-针灸科
北京中医药大学东直门医院针灸科在疾病防治方面独具特色，在国内外享有很高的声誉，承担国家科技部等各级科研课题数十项，获得各种奖项十余项。科室临床以门诊为主，根据多位专家的特长，较好地开展了对急性软组织损伤、关节炎、聋哑、中风、哮喘、面瘫、头痛、小儿麻痹、腹泻痢疾、风疹等数十种疾病的治疗，治疗方法以传统的针刺、艾灸、火罐等为主。
第六名：北京中医药大学东直门医院东区-针灸科
北京中医药大学东直门医院东区针灸科为北京市首批“十四五”中医药重点专科，为中医特色治疗科室，治疗手段多样，包括但不限于：微针、针刀、火针、毫针围刺、梅花针扣刺、穴位放血疗法、中药灌肠、穴位注射、膏摩疗法、拔罐治疗、中药贴敷、艾灸、药浴熏蒸、小儿推拿、脏腑点穴、拨筋正脊等。
第七名：北京中医药大学东方医院-针灸科
北京中医药大学东方医院针灸科是北京市中医药管理局重点专科，针灸综合疗法包括针刺、艾灸、走罐、药罐、埋线、耳针、头针、穴位注射、红外照射、红光照射、中低频治疗以及足浴等等。科室开辟综合治疗室，开展特色项目服务，主要有节气针灸、药罐、消浊涂抹罐等治疗。
第八名：北京协和医院-针灸科
北京协和医院针灸科，以中西医结合诊治为特色，采用各种针法、火罐、穴位贴敷等方法治疗内、外、骨、妇、神经、儿、皮肤、耳鼻喉等科的相关病症。2012年“北京协和医学院中医教学改革的实践”获得北京协和医学院教育教学成果二等奖（孙华排名第一）。培养博士研究生8名、硕士5名。孙华教授带领的针灸团队先后承担国家自然科学基金委面上课题4项，青年基金3项；国家中医药管理局课题2项；科技部卫生行业科研专项子课题1项。
第九名：中国人民解放军总医院-针灸科
中国人民解放军总医院针灸科，是针灸学科最重要的临床和教研基地，采用各种针灸方法、按摩、刺络、拔罐、激光仪、电子灸、埋线、穴位注射、头针、腕踝针、腹针、肉毒素肌注、高频电火针等治疗各种疑难杂症。最近又引进国际领先的治疗仪开展了了神经网络重建、血压调治等项目。并承担国家自然基金多次，多次承担国家、北京市的重大课题，获得科研成果奖、北京301医院教学成果奖、医疗成果奖等。获得中华医学会优秀视听教材奖1项。